关于村里自建自来水厂是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况，特别是土地使用的合法性来进行综合判断。
首先，我们要明确的是，任何单位或个人在建设自来水厂等基础设施时，都必须严格遵守国家的土地管理法律法规。这包括但不限于办理农用地转用审批手续、取得合法的土地使用权等。如果未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设，那么这样的行为就是违法的，会面临相应的法律处罚。
从您提供的两个案例中，我们可以看到：
在第一个案例中，**村委会为了改善本村居民的饮水条件，决定建设自来水厂。然而，他们在建设过程中未经批准占用了农用地，包括永久基本农田，这违反了《中华人民共和国土地管理法》的相关规定。因此，他们受到了责令退还土地、拆除或没收违法建筑物、罚款等行政处罚。
在第二个案例中，某公司与村民委员会签订协议后，未经批准占用了集体农用地建设自来水厂。同样，他们的行为也违反了土地管理法律法规，因此也受到了相应的行政处罚。
这两个案例都明确告诉我们，村里自建自来水厂本身并不违法，但关键在于土地使用的合法性。如果未经批准或非法占用土地进行建设，那么就是违法的。
那么，村里如果想要合法建设自来水厂，应该怎么做呢？
办理相关手续：在建设前，必须向当地自然资源主管部门申请办理农用地转用审批手续，取得合法的土地使用权。
遵守土地利用总体规划：在选址和建设过程中，要确保符合当地的土地利用总体规划，避免占用永久基本农田等受严格保护的土地。
接受监管：在建设过程中和建成后，要接受相关部门的监管和检查，确保合规运营。
综上所述，村里自建自来水厂是否合法，关键在于土地使用的合法性。如果遵守了相关法律法规和程序，那么就是合法的；如果未经批准或非法占用土地进行建设，那么就是违法的。因此，在建设自来水厂前，村里一定要充分了解并遵守相关法律法规和程序，确保合法合规建设。