贪污犯罪中涉及的“罚款”和“违纪款”的计算及处理需分情况讨论，具体如下：

1. 关于“罚款”
   在贪污犯罪中，法律上对应的处罚是“罚金”，而非行政罚款。罚金属于刑事处罚的一部分，由法院根据《刑法》第五十二条的规定判决，计算方式通常为：

   • 基准比例：以贪污数额为基准，结合犯罪情节、社会危害性等因素，在贪污数额的50%至2倍之间确定罚金数额（参考《刑法》第三百八十三条及司法解释）。
     
   • 特殊情形：若贪污数额特别巨大或有特别严重情节，法院可酌情提高罚金比例，但需以犯罪所得为限，避免过度惩罚。
     
   • 执行方式：罚金需在判决生效后一次性或分期缴纳，逾期不缴可能强制执行（如查封财产、限制高消费等）。

2. 关于“违纪款”
   若贪污行为同时违反党纪或单位纪律（如公务员违反《中国共产党纪律处分条例》或《公职人员政务处分法》），需退缴的“违纪款”通常指：

   • 违法所得退缴：需全额退还贪污所得的赃款及孳息（如利息、收益等），计算方式以实际非法占有金额为准，需提供银行流水、财务记录等证据佐证。
     
   • 纪律处分附加义务：部分单位可能要求违纪人员额外缴纳一定金额作为“纪律处分金”，但此款项无明确法律依据，需以单位内部规定为准（若规定违法可提出异议）。
     

注意事项：

• 刑事优先原则：若案件进入刑事程序，罚金与退缴违法所得需分别处理，罚金由法院判决，退缴由侦查机关或法院追缴，二者不冲突但可能重叠（如退缴部分可能抵扣罚金）。
  
• 证据要求：无论是罚金还是退缴违纪款，均需以查实的贪污金额为依据，若证据不足可能导致计算争议，此时可申请补充调查或提出异议。
  
• 协商空间：在认罪认罚从宽程序中，被告人可与检察机关协商罚金数额，但需以退缴违法所得为前提。
  

建议：若涉及具体案件，需结合贪污数额、证据情况、当地司法实践综合判断，可进一步提供细节（如贪污金额、是否退赃等），以便更精准分析。