发现企业有偷税行为，税务机关的追征期限及刑事追诉期限需根据具体情况来确定。以下是从税务机关追征和刑事追诉两个角度进行的详细分析：
一、税务机关的追征期限
一般情况：
- 对于因税务机关责任导致的未缴或少缴税款，税务机关在三年内可以要求补缴，但不得加收滞纳金。
- 因纳税人或扣缴义务人计算错误等失误导致的未缴或少缴税款，税务机关在三年内可以追征税款及滞纳金；特殊情况下，追征期可延长至五年。这里的“特殊情况”通常指的是数额较大、情节严重等情形。
偷税行为的特殊规定：
- 对于偷税、抗税、骗税行为，税务机关追征其未缴或少缴的税款、滞纳金或所骗取的税款，不受上述期限限制。这意味着，一旦发现企业有偷税行为，税务机关可以随时追征其未缴或少缴的税款及滞纳金。
二、刑事追诉期限
数额较大且占应纳税额百分之十以上：
- 若企业逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额百分之十以上，将面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。此种情况下，追诉期限为五年。
数额巨大且占应纳税额百分之三十以上：
- 若企业逃避缴纳税款数额巨大且占应纳税额百分之三十以上，将处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。此时，追诉期限为十年。
追诉期限的计算方法：
- 追诉期限自犯罪之日起计算。若犯罪行为具有连续或继续状态，则从犯罪行为终了之日起计算。例如，企业连续多年偷税，那么追诉期限将从最后一年偷税行为终了之日起计算。
不受追诉期限限制的特殊情况：
- 在人民检察院、公安机关、国家安全机关已立案侦查或在人民法院受理案件后，若企业逃避侦查或审判，则不受追诉期限的限制。
- 若被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案却不予立案，同样不受追诉期限的限制。
三、实际建议
严格遵守税法规定：
- 企业应严格遵守税法规定，按时足额缴纳税款，避免触碰法律红线。偷税行为不仅会导致企业面临税务机关的追征和处罚，还可能构成犯罪，面临刑事追诉。
及时补救措施：
- 一旦发现存在偷税行为，企业应立即采取措施补缴税款、滞纳金，并主动接受税务机关的处罚。这有助于减轻或免除企业的法律责任。
加强内部管理：
- 企业应加强内部管理，建立健全的税务管理制度和内部控制机制，确保税务申报的准确性和及时性。这有助于降低企业因税务问题而面临法律风险的可能性。
寻求专业法律帮助：
- 面对复杂的税务问题或可能的法律风险，企业应及时向我咨询，我会根据企业的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，发现企业有偷税行为后，税务机关的追征期限及刑事追诉期限需根据具体情况来确定。企业应严格遵守税法规定，加强内部管理，并在发现问题时及时采取补救措施和寻求专业法律帮助。