在委托品种持有人发起变更受托企业的情况下，受托企业需要从法律、合同及实务操作等多个层面进行配合，具体如下：

1. 审查变更的合法性与合同依据
   首先，受托企业应仔细审查原委托合同中关于“受托企业变更”的条款，确认是否存在允许变更的约定（如合同转让、权利义务承继等条款）。若合同明确禁止或限制变更，需及时与品种持有人沟通，评估变更的可行性及法律风险。若合同未明确约定，则需依据《民法典》中关于合同变更的规定，判断变更是否需双方协商一致或存在法定情形（如受托企业丧失履约能力）。

2. 配合完成法律文件与审批程序
   根据行业监管要求（如农业、医药等领域的品种管理规定），品种持有人变更受托企业可能需向主管部门备案或审批。受托企业需：

   • 提供原委托合同、品种权证明、受托企业资质文件等必要材料；
     
   • 签署变更协议或确认函，明确原合同权利义务的承继或终止方式；
     
   • 配合完成公示、公告等程序（如涉及公众利益或第三方权益）。

3. 妥善处理原合同项下的权利义务

   • 未履行义务的交接：若原合同存在未完成的委托事项（如品种培育、生产、销售等），受托企业需与品种持有人、新受托企业协商交接方案，确保品种管理连续性，避免因交接不畅导致违约或侵权风险。
     
   • 已取得成果的归属：明确原合同履行期间产生的技术成果、知识产权等归属，避免因变更引发纠纷。例如，若受托企业独立研发了与委托品种相关的新技术，需通过补充协议明确权利归属。
     
   • 费用结算与赔偿：结算原合同项下应付未付的费用（如委托报酬、成本支出等），并协商是否需因提前终止合同支付违约金或补偿金。

4. 防范潜在法律风险

   • 竞业限制与保密义务：若原合同包含竞业限制或保密条款，受托企业在变更后仍需遵守，避免泄露品种技术秘密或从事竞争性业务。
     
   • 第三方权益保护：若委托品种涉及与其他主体的合作（如联合研发、许可使用），受托企业需通知相关方变更事宜，并确保新受托企业符合合作条件，避免因主体变更导致合作失效。
     
   • 反不正当竞争与商标保护：若委托品种涉及商标、商业秘密等，受托企业需配合品种持有人办理商标使用许可变更、商业秘密保护措施更新等手续。

5. 实务操作建议

   • 书面确认变更流程：所有变更步骤（如文件签署、审批申请、交接清单）均应以书面形式记录，避免口头约定导致举证困难。
     
   • 咨询行业监管部门：针对特定品种（如农作物新品种、药品），提前向农业农村部、国家药监局等部门咨询变更要求，确保程序合规。
     
   • 评估新受托企业资质：若品种持有人要求受托企业推荐或协助筛选新受托企业，需审慎评估其履约能力，避免因新受托企业违约导致连带责任。

总结：受托企业在配合变更时，需以合同为依据、以法律为准绳，兼顾实务操作与风险防控，确保变更程序合法、权利义务清晰、品种管理连续。若对具体条款或程序存在疑问，可直接向我咨询，我将结合行业特点提供针对性建议。