在综合工时制下，休息日加班费的计算确实是一个相对复杂但关键的问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它不以天为单位计算工作时间，而是以周、月、季或年为周期，综合计算劳动者的工作时间。这种制度的核心在于，尽管具体的工作安排可能更加灵活，但劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。

二、休息日加班费的计算原则

在综合工时制下，休息日加班费的计算需根据整个周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间来决定：

1. 未超过法定标准工作时间：

   • 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间总数没有超过该周期的法定标准工作时间总数，那么即使其中的某些休息日被安排工作，用人单位也无需支付休息日加班工资。

2. 超过法定标准工作时间：

   • 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间，那么超出部分应被视为延长工作时间。对于这部分延长的工作时间，用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。这里需要注意的是，与标准工时制不同，综合工时制下不再单独考虑休息日的加班，而是看整个周期的总工作时间。

3. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。这一点与标准工时制下的规定相同，体现了对法定节假日工作的特殊补偿。

三、具体计算方法

1. 计算小时工资基数：

   • 小时工资基数是计算加班费的基础，它等于月工资收入除以（月计薪天数×8小时）。其中，月计薪天数为21.75天，这是根据国家规定计算得出的。

2. 确定加班时长：

   • 加班时长是指劳动者在综合计算周期内实际工作时间超出法定标准工作时间的部分。

3. 计算加班费：

   • 对于延长的工作时间，加班费等于小时工资基数乘以加班时长再乘以150%。
   • 对于法定节假日的工作，加班费等于小时工资基数乘以法定节假日工作天数再乘以300%。

四、示例说明

假设某员工月工资为6000元，实行以月为周期的综合工时制，该月制度工作时间为166.64小时（20.83天×8小时/天）。若该月实际出勤200小时，则：

1. 计算小时工资：

   • 小时工资 = 6000 / (21.75 × 8) ≈ 34.48元/小时

2. 确定加班时长：

   • 加班时长 = 200 - 166.64 = 33.36小时

3. 计算加班费：

   • 假设这33.36小时全部为延长的工作时间（即非法定节假日工作），则加班费 = 33.36 × 34.48 × 150% ≈ 1722.36元
   • 如果其中包含法定节假日工作（如8小时），则节假日加班费 = 8 × 34.48 × 300% ≈ 827.52元，剩余加班费 = (33.36 - 8) × 34.48 × 150% ≈ 1294.84元，总加班费 = 827.52 + 1294.84 = 2122.36元

五、注意事项

1. 周期核算规则：综合工时制以审批周期为核算单位，周期内总工时未超标的部分不产生加班费。
2. 证据留存要求：用人单位须完整保存考勤记录、排班表及工资条等证据，用以证明工时核算合规性。
3. 协商优先原则：企业可通过集体合同或劳动合同约定更优惠的加班费标准，但不得低于法定最低要求。

综上所述，综合工时制下的休息日加班费计算方式相对复杂，但只要明确了计算原则和具体方法，就能够准确计算出应支付的加班费。用人单位应严格按照法律法规执行，确保劳动者的合法权益得到保障。