结论：三方股东中有一方不同意协议盖章，协议是否生效需根据具体情况判断，主要取决于协议的生效条件以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议生效条件的角度
协议约定生效条件：
- 如果三方股东在协议中明确约定了协议的生效条件，例如“本协议自三方签字（或盖章）之日起生效”，那么在这种情况下，只有三方都签字或盖章后，协议才会生效。若有一方不同意盖章，则协议未满足生效条件，因此不会生效。
协议未约定生效条件：
- 如果协议中没有明确约定生效条件，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。但在此情况下，若协议涉及公司重大事项（如股权转让、增资扩股等），可能还需要满足公司章程或相关法律法规规定的特别程序（如股东会决议、工商变更登记等）后才能生效。若有一方不同意盖章，可能影响到这些特别程序的完成，从而间接影响协议的生效。
二、公司章程和法律法规的角度
公司章程规定：
- 公司章程是公司的“宪法”，对股东具有约束力。如果公司章程中规定了关于协议生效的特别程序或条件（如需要全体股东一致同意等），那么必须遵守这些规定。若有一方不同意盖章，且该不同意违反了公司章程的规定，则协议可能无法生效。
相关法律法规规定：
- 某些类型的协议（如涉及外商投资的协议、涉及国有资产转让的协议等）可能受到特定法律法规的约束。这些法律法规可能规定了协议生效的特别条件或程序。若有一方不同意盖章，且该不同意违反了相关法律法规的规定，则协议同样可能无法生效。
三、实际操作中的建议
协商沟通：
- 在一方不同意盖章的情况下，首先应尝试通过协商沟通解决分歧。了解该方不同意盖章的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
修改协议或补充条款：
- 如果协商沟通无果，可以考虑修改协议或补充条款，以适应各方的需求。例如，可以调整协议中的某些条款或增加特别约定，以消除该方的顾虑。
寻求法律途径解决：
- 如果无法通过协商沟通或修改协议解决问题，可以考虑寻求法律途径解决。例如，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认协议的效力或解决争议。
进一步思考：在实际操作中，协议的生效往往受到多种因素的影响。除了上述提到的协议生效条件、公司章程和法律法规外，还可能受到市场环境、政策变化等因素的影响。因此，在签订协议前，各方应充分了解相关法律法规和公司章程的规定，并谨慎考虑协议中的各项条款。若遇到一方不同意盖章的情况，应及时咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，若你在公司法务（股权/合伙联营/加盟经营）领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。