关于病假是否会扣年终奖的问题，结论前置如下：
- 若单位规章制度中有明确规定且合法合理，单位可以依规扣除年终奖。
- 若无明确规定或规定不合理，单位则不能以此为由扣除年终奖。
详细分析如下：
一、单位规章制度的影响
- 有明确规定：如果单位的劳动合同、员工手册或其他合法有效的规章制度中明确规定了病假与年终奖的关系，比如病假达到一定天数会扣除年终奖，并且这些规定已经履行了民主程序（如经过职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，那么在符合该规定的情形下，单位扣除年终奖可能是合理合法的。但需要注意的是，这种规定也应当遵循合理性原则，不能过于苛刻和不合理。
- 无明确规定：在没有明确规定的情况下，单位不能随意以员工请病假为由扣除其年终奖。年终奖的发放应遵循公平合理、诚实信用的原则，考虑员工的实际绩效和贡献。
二、员工实际工作表现和贡献
- 员工的工作表现和贡献是决定是否发放年终奖的重要因素。即使员工请了病假，但如果其在正常工作期间表现出色、业绩突出，对公司有较大贡献，公司仍可能会酌情发放年终奖。
- 反之，如果员工平时工作表现一般，且病假时间较长，影响了工作进度和团队协作，公司可能会减少或不发放年终奖。这体现了用人单位对员工绩效的考核和奖励机制。
三、法律层面的规定
- 年终奖性质：年终奖并非法定福利，法律并未强制要求公司必须发放。因此，公司有权根据自身的经营状况、员工的绩效等因素来决定是否发放以及发放的金额。
- 法律约束：然而，如果劳动合同中有关于年终奖的明确约定，公司应当按照约定执行，不能因员工请病假而随意取消或扣减，除非员工的病假情况符合合同中约定的扣除条件。同时，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，包括年终奖。
四、特殊情形保护
- 对于处于医疗期内的员工，根据相关法律法规，用人单位在支付病假工资或疾病救济费的同时，不得大幅不合理地扣除年终奖。这是对员工在特殊时期的一种保护。
五、劳动者权益保护
- 劳动者在享受公司提供的福利时，应当受到公平、公正、合理的对待。如果劳动者认为单位扣除年终奖的行为不合理不合法，可以先与单位进行协商沟通；若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
实际应用建议：
- 对于单位：建议在制定规章制度时明确年终奖的发放条件和扣除标准，并确保这些内容合法、合理、透明。同时，应加强对员工的宣传和培训，让员工了解并遵守相关规定。
- 对于劳动者：建议在请假前详细了解并遵守单位的规章制度中关于年终奖的规定。如果发现自己的权益受到侵害，应及时采取措施维护自己的合法权益，比如与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
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