当鱼塘在承包期内被占用时，赔偿问题的处理确实需要细致分析占用的性质以及具体情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确占用性质与责任主体
合法占用：
- 情形：通常是因为政府出于公共利益的需要，比如进行基础设施建设，而依法对鱼塘进行征收或征用。
- 责任主体：具体实施征收或征用行为的政府部门或其授权单位。
- 处理方式：您应密切关注政府发布的征收公告，了解补偿政策与标准，并按照规定的程序申请补偿。
非法占用：
- 情形：未经合法审批和许可，单位或个人擅自占用您的鱼塘。
- 责任主体：实施非法占用行为的单位或个人。
- 处理方式：您有权要求非法占用方恢复鱼塘原状，并赔偿因此造成的损失。如果协商不成，您可以通过法律途径来维护自己的权益。
二、赔偿项目与计算标准
鱼塘本身价值的赔偿：
- 评估时，会综合考虑鱼塘的建造和维护成本、剩余使用年限以及市场价值等因素。
- 计算公式大致为：鱼塘价值赔偿 = 鱼塘建造和维护成本 ×（剩余使用年限÷总使用年限）+ 市场增值部分（如有）。
鱼苗及水产品损失赔偿：
- 根据实际养殖的鱼苗和水产品的数量、品种以及市场价格来计算损失。
- 需要注意区分即将收获的水产品和未达收获期的鱼苗，以合理估算损失。
养殖设备及附属设施损失赔偿：
- 包括增氧机、投饵机、抽水机等养殖设备，以及简易仓库、看护房等附属设施。
- 根据购置价格、折旧程度以及剩余使用寿命来评估计算损失。
经营损失赔偿：
- 如果鱼塘用于商业养殖经营，因占用导致养殖生产中断，您有权要求赔偿经营损失。
- 估算时，可以参考以往的经营收入、利润情况，以及剩余养殖周期内的预期利润。
三、赔偿协商与维权途径
协商解决：
- 与占用方友好协商，就赔偿项目、金额以及支付方式等达成一致意见，并签订赔偿协议。这是首选的解决方式，既快速又有效。
行政途径（针对合法占用中的异议）：
- 如果您对补偿标准或程序有异议，可以向有关政府部门的上级机关申请行政复议。
- 必要时，您还可以依法向法院提起行政诉讼，要求合理补偿。
司法途径（针对非法占用）：
- 如果协商不成，且占用行为属于非法，您可以向人民法院提起民事诉讼。
- 要求停止侵权行为、恢复原状，并赔偿因此造成的各项损失。在提起诉讼前，请务必准备好充分的证据来证明非法占用事实及因此造成的损失。
四、重要建议
- 在处理鱼塘被占用问题时，我建议您先咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作细节。
- 同时，请妥善保存所有与鱼塘被占用有关的证据，如照片、视频、合同、收据等。这些证据在协商或诉讼过程中将起到至关重要的作用。
综上所述，鱼塘在承包期内被占用时的赔偿问题涉及多个方面。通过明确责任主体、合理计算损失、积极协商或采取法律手段，您可以有效维护自己的合法权益。希望这些解答能对您有所帮助。