经济补偿金基数是否包括加班工资，需根据具体情况及劳动合同约定来判断。以下从多个角度为您详细分析：

一、一般原则：加班工资通常应纳入经济补偿基数

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿的月工资计算应包含劳动者应得的所有货币性收入，这其中包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。加班工资作为劳动者在正常工作时间之外提供额外劳动所获得的报酬，同样属于货币性收入范畴。
   • 《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第53条也明确了“工资”的定义，包括延长工作时间的工资报酬（即加班工资）等。

2. 司法实践：

   • 在大量司法案例中，法院倾向于将加班工资纳入经济补偿金的计算基数。这是因为加班工资是劳动者劳动报酬的一部分，理应得到相应的补偿。

二、特殊情况：劳动合同有特别约定时可能排除加班工资

1. 约定优先：

   • 如果劳动合同中有关于经济补偿基数计算的特别约定，如明确排除加班工资或设定了其他计算方式，那么应遵循劳动合同的约定来确定经济补偿基数。这是因为劳动合同是双方自愿达成的协议，其条款具有法律效力。

2. 合法性审查：

   • 然而，这种约定必须合法且合理。如果约定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，那么该约定可能被认定为无效。

三、高收入限制：月工资高于当地平均工资三倍时的处理

1. 特定标准：

   • 对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，向其支付经济补偿的标准有所调整。具体来说，经济补偿金将按月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

2. 加班工资考量：

   • 在这种情况下，加班工资是否纳入经济补偿基数可能变得不那么重要，因为经济补偿金已经受到了上限的限制。但即便如此，如果劳动合同中有特别约定，仍需遵循约定。

四、实际操作建议

1. 查阅劳动合同：

   • 在具体计算经济补偿时，首先应查阅劳动合同中关于经济补偿基数计算的约定。若无特别约定，则应按照劳动者正常工作时间的平均工资（包括加班工资）来确定经济补偿基数。

2. 咨询专业意见：

   • 若存在争议或不确定情况，建议及时向我咨询，我会根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见。

总结：经济补偿基数的计算是一个涉及多个因素的问题，其中加班工资是否纳入计算需根据具体情况及劳动合同约定来判断。在处理相关问题时，应综合考虑法律法规、劳动合同条款以及实际情况，确保计算结果既符合法律要求又体现公平正义。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。