二次重新鉴定伤残时，鉴定机构主要依据以下资料出具鉴定意见书：

1. 初次及首次重新鉴定材料：包括初次伤残鉴定报告、首次重新鉴定报告及其相关附件。这些材料为鉴定机构提供了基础信息，有助于了解案件背景、鉴定过程及初次鉴定结论，是二次重新鉴定的起点。

2. 医疗记录与诊断证明：

   • 完整病历：涵盖患者入院记录、手术记录、病程记录、出院记录等，反映患者伤情发展及治疗过程。
   • 诊断证明：由主治医生出具，明确患者伤情、诊断结果及治疗建议，是鉴定机构判断伤残等级的重要依据。
   • 影像资料：如X光片、CT片、MRI片等，直观展示患者伤情，有助于鉴定机构准确评估伤残程度。

3. 康复治疗与功能恢复情况：

   • 康复治疗记录：记录患者接受康复治疗的过程、方法及效果，反映患者功能恢复情况。
   • 功能评估报告：由专业机构或医生出具，评估患者肢体功能、认知功能等恢复程度，对鉴定伤残等级具有关键作用。

4. 证人证言与现场证据（如适用）：

   • 证人证言：目击者或相关人员对事故经过的描述，有助于鉴定机构了解事故背景及伤情成因。
   • 现场证据：如事故现场照片、视频等，直观展示事故现场情况，为鉴定机构提供判断依据。

5. 法律法规与鉴定标准：

   • 相关法律法规：如《工伤保险条例》、《人体损伤致残程度分级》等，为鉴定机构提供法律框架和鉴定依据。
   • 鉴定标准：鉴定机构需遵循国家或行业制定的鉴定标准，确保鉴定结论的客观性和公正性。

6. 其他相关材料：如患者身份证明、事故责任认定书等，有助于鉴定机构全面了解案件情况，确保鉴定结论的准确性和合法性。