若发现投标代理人并非投标单位员工，可按以下方式处理：

1. 核实代理关系真实性
   首先需确认投标代理人与投标单位之间是否存在合法的代理关系。根据《民法典》第161-165条，代理行为需以被代理人名义实施，且代理人应在授权范围内行事。若代理人持有投标单位出具的合法授权委托书（需加盖公章并由法定代表人签字），即使非员工，仍可视为有效代理。此时需重点审查授权委托书的真实性、有效期及权限范围。

2. 分情况处理违规情形

   • 若存在虚假代理：
     若代理人伪造授权文件或冒用单位名义投标，可能构成《刑法》第224条合同诈骗罪或《招标投标法》第54条规定的“弄虚作假骗取中标”。处理方式包括：

     • 向招标人提出书面异议，要求取消其投标资格；
       
     • 向行政监督部门（如发改委、住建部门）举报，追究行政责任（罚款、没收违法所得、取消1-3年内投标资格等）；
       
     • 若造成损失，可要求代理人或被代理人承担民事赔偿责任。
       

   • 若代理关系合法但程序瑕疵：
     例如授权委托书未明确代理权限、期限或未加盖公章，可能被认定为“代理行为效力待定”。此时需：

     • 要求投标单位补正授权文件或出具书面确认函；
       
     • 若招标文件明确要求代理人须为员工，可依据《招标投标法实施条例》第44条提出异议，要求其澄清或更换代理人。
       

3. 防范法律风险的建议

   • 对招标人：在招标文件中明确代理人的资格要求（如需提供社保缴纳证明、劳动合同等），并在资格预审阶段严格审查；
     
   • 对投标单位：若需委托非员工代理，应出具规范授权委托书，明确代理事项、期限及权限，并留存委托过程证据（如视频、邮件等）；
     
   • 对其他投标人：发现违规代理时，应在中标候选人公示期间及时提出异议（期限一般为3日），逾期可能丧失救济权利。
     

提示：实践中，非员工代理常见于专业招标代理机构或临时授权场景，关键在于代理行为的合法性与授权文件的完备性。若涉及复杂情形（如挂靠、串标等），建议进一步提供细节，我将结合具体证据分析法律责任。