交强险垫付5000元后，后期治疗费用的赔付需分情况处理，具体如下：

1. 若前期垫付的5000元未覆盖全部医疗费用
   交强险医疗费用赔偿限额为1.8万元（有责情况下）。若前期仅垫付5000元，剩余1.3万元限额仍可用于赔付后续治疗费用。需保留完整医疗票据（如病历、发票、用药清单等），通过交警部门或保险公司申请理赔，按实际费用在限额内赔付。

2. 若前期垫付的5000元已达交强险医疗限额
   若5000元已包含在1.8万元限额内（例如事故中仅产生5000元医疗费），则交强险医疗费用赔偿已用尽。后续治疗费用需通过以下途径解决：

   • 商业险：若车辆投保商业第三者责任险，可由保险公司按合同约定赔付；
     
   • 侵权方自费：若未投保商业险或赔偿超出商业险限额，由事故责任方自行承担；
     
   • 受害人自费或医保：若受害人有医保，可按医保政策报销部分费用，但需注意医保报销后可能无法再通过侵权诉讼主张该部分费用（具体以当地政策为准）。

3. 若事故涉及多方责任或特殊情形

   • 多车事故：若多辆车均投保交强险，各车按责任比例分摊赔偿；
     
   • 无责情况：若本车无责，交强险仅在无责限额内（医疗费1800元）赔付，超出部分由全责方承担；
     
   • 伤者过错：若伤者对事故有部分责任，后续治疗费用可能按责任比例分担。

操作建议：

• 立即联系保险公司报案，说明事故进展及后续治疗需求；
  
• 保存所有医疗证据，避免使用非医保用药（可能影响赔付比例）；
  
• 若协商无果，可向交警部门申请调解或直接向法院起诉，通过法律途径主张权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。