未签订合同但交付了工程保证金，该保证金是否有效需分情况讨论：
若后续补签了合同，且合同中明确约定了保证金条款：
- 在这种情况下，尽管保证金是在合同签订前交付的，但一旦合同正式签订并明确约定了保证金的相关条款（如保证金的金额、用途、退还条件等），那么该保证金就成为了合同的一部分，具有法律效力。双方应按照合同约定履行各自的义务，包括保证金的交付、使用和退还等。
若未签订合同，但双方以其他形式（如口头协议、邮件、短信等）达成了关于保证金的合意：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。因此，即使没有书面合同，只要双方能够证明存在关于保证金的合意，并且该合意不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该保证金条款也是有效的。然而，口头协议等非书面形式在举证上可能存在一定困难，因此建议双方尽量采用书面形式订立合同或补充协议。
若既未签订合同，也未以其他形式达成关于保证金的合意：
- 在这种情况下，由于缺乏明确的合同依据或双方合意，交付保证金的一方可能难以证明该保证金的合法性和有效性。如果接收保证金的一方否认该保证金的存在或拒绝退还，交付方可能面临举证不能的风险，导致无法追回保证金。
法律建议：
- 尽量签订书面合同：在涉及工程保证金等重要事项时，建议双方尽量签订书面合同，并明确约定保证金的相关条款，以避免后续纠纷。
- 保留证据：如果确实无法签订书面合同，双方也应通过邮件、短信等方式留下关于保证金的合意记录，并妥善保管相关证据，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：如果双方在保证金问题上存在争议或无法达成一致意见，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果保证金有效且符合退还条件，接收方应按时退还保证金给交付方。
- 如果保证金无效或不符合退还条件，接收方可能无需退还保证金，但需注意，如果接收方存在欺诈、胁迫等违法行为，交付方仍有权要求退还保证金并追究其法律责任。
总之，未签订合同但交付了工程保证金，其有效性取决于双方是否存在关于保证金的合意以及该合意是否符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。