若认为法院在农村土地承包经营权合同违约纠纷案件中认定事实错误，可通过上诉或申请再审等法定程序提出异议，并围绕事实认定错误的具体情形准备充分的证据和法律论证。以下从上诉和申请再审两个角度详细说明：

上诉途径

1. 上诉期限与主体：若案件处于一审判决后、尚未生效阶段，当事人（包括原告、被告以及有独立请求权的第三人）可在收到判决书之日起15日内，或收到裁定书之日起10日内，向上一级人民法院提起上诉。这是纠正一审法院事实认定错误的首要途径。
2. 上诉状内容：在上诉状中，需明确指出一审法院认定事实错误的具体内容，例如对合同条款的理解偏差、对关键证据的忽视或错误解读、对案件事实的片面认定等。同时，要结合证据和法律规定，详细阐述为何一审认定的事实存在错误，以及正确的认定应为何。
3. 证据准备：围绕事实认定错误，收集并整理相关证据。这些证据可以是书证（如合同原件、往来函件）、物证（如土地现状照片）、证人证言、鉴定意见等，旨在证明一审法院认定的事实与实际情况不符。
4. 法律论证：除了事实层面的反驳，还需从法律层面进行论证。引用相关法律法规、司法解释，说明一审法院在事实认定上违反了哪些法律原则或规定，以及这种错误认定如何影响了案件的判决结果。

申请再审途径

1. 申请再审的条件：若案件已生效，当事人认为生效判决、裁定认定事实错误，可向原审人民法院或上一级人民法院申请再审。申请再审需满足一定条件，如确有新的证据足以推翻原判决、裁定；原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或变更等。
2. 再审申请书内容：在再审申请书中，需详细阐述原判决、裁定认定事实错误的具体情形，包括错误认定的事实内容、错误的原因、错误认定对案件结果的影响等。同时，要提出明确的再审请求，如撤销原判决、裁定，改判或发回重审等。
3. 证据与法律论证：与上诉类似，申请再审也需准备充分的证据和法律论证。证据方面，要提供能够证明原判决、裁定认定事实错误的新证据或原有证据的新解读；法律论证方面，要结合法律规定和司法实践，说明原判决、裁定在事实认定上的错误之处及应如何纠正。

在处理此类案件时，务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。