在招投标过程中，如果招标人设置的限制条款存在违规行为，其处理方式将严格依据相关法律法规，并结合违规的具体性质和情节严重程度来进行。以下是对此类违规行为的详细处理措施及预防建议：

一、处理措施

行政责任

1. 警告与整改

   • 适用情形：若招标限制条款仅存在轻微违规，如编制不规范或未按规定时间发布等，相关监管部门会给予警告，并要求招标人在规定时间内进行整改，以纠正不当行为。

2. 罚款

   • 适用情形：当招标限制条款存在较为严重的违规，如限制或排斥潜在投标人、泄露标底等，监管部门将依据《中华人民共和国招标投标法》及相关法规，对招标人处以罚款，罚款金额根据违规情节的严重程度而定。

3. 暂停或取消招标资格

   • 适用情形：对于多次违规或违规行为极其严重的招标人，如串通投标、弄虚作假等，监管部门将暂停或取消其招标资格，甚至在一定期限内禁止其参与任何招投标活动，以维护市场公平竞争。

4. 重新招标

   • 适用情形：若招标人的违规行为影响了招投标的公正性和公平性，如违规干预评标委员会工作等，监管部门将要求招标人重新组织招标活动，确保择优选择承包商。

5. 吊销营业执照

   • 适用情形：对于极其严重的违规行为，如通过行贿等非法手段获取中标等，工商行政管理机关将吊销招标人的营业执照，彻底剥夺其市场经营资格。

民事责任

• 赔偿损失
  • 适用情形：若因招标人违规设置限制条款给投标人造成经济损失，如无故废标导致投标人前期投入无法收回，投标人可通过协商、诉讼等方式要求招标人赔偿其损失，依据《中华人民共和国民法典》进行维权。

刑事责任

• 追究刑事责任
  • 适用情形：若招标人的违规行为构成犯罪，如行贿受贿、滥用职权等，将依据《中华人民共和国刑法》追究其刑事责任，由司法机关依法进行处理。

二、预防建议

为有效预防和处理招投标中的违规行为，特别是招标限制条款的违规设置，建议采取以下措施：

1. 加强监管力度：建立健全招投标监管机制，加强对招标活动的全程监督和检查，及时发现并纠正违规行为。

2. 提高透明度：增加招投标过程的透明度，确保所有信息公开透明，减少信息不对称和暗箱操作的可能性，让投标人能够充分了解招标要求和条件。

3. 加强教育培训：对招标人、投标人和相关从业人员进行法律法规和职业道德的教育培训，提高他们的法律意识和职业素养，减少违规行为的发生。

4. 建立举报机制：鼓励公众和行业内人士积极举报招投标中的违规行为，为监管部门提供线索和证据，形成有效的社会监督，共同维护招投标市场的公平、公正和健康发展。

综上所述，处理招投标中招标人违规设置限制条款的行为需综合考虑多种因素，并根据具体情况采取相应的处理措施。同时，加强预防和监管是降低违规行为发生概率的重要手段。