针对您提出的“书店无证经营怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及实际案例整理的详细解答：

一、法律依据

根据《出版物市场管理规定》第三条第一款：“国家对出版物批发、零售依法实行许可制度。从事出版物批发、零售活动的单位和个人凭出版物经营许可证开展出版物批发、零售活动；未经许可，任何单位和个人不得从事出版物批发、零售活动。”以及《出版管理条例》第六十一条：“未经批准，擅自从事出版物的出版、印刷或者复制、进口、发行业务，由出版行政主管部门、工商行政管理部门依照法定职权予以取缔；依照刑法关于非法经营罪的规定，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，没收出版物、违法所得和从事违法活动的专用工具、设备，违法所得5万元以上的，并处违法所得5倍以上10倍以下的罚款，没有违法所得或者违法所得不足5万元的，并处25万元以下的罚款；侵犯他人合法权益的，依法承担民事责任。”

二、处罚措施

1. 取缔违法行为：对于未经批准擅自从事出版物发行业务的书店，出版行政主管部门或工商行政管理部门将依法予以取缔，即责令其停止非法经营活动。

2. 没收出版物及违法所得：在取缔的同时，将没收其非法经营的出版物以及违法所得。若无法证实有违法所得，则依据相关法规进行罚款。

3. 罚款：

   • 若违法所得5万元以上，将并处违法所得5倍以上10倍以下的罚款。
   • 若没有违法所得或者违法所得不足5万元，将并处25万元以下的罚款。在实际操作中，罚款数额会根据违法行为的情节、社会危害程度等因素进行综合考量，可能从较低数额（如100元，如文山市文化和旅游局对雷XX的处罚案例）到较高数额不等。

三、实际案例参考

1. 文山市文化和旅游局行政处罚案例：

   • 当事人雷XX在未办理《出版物经营许可证》的情况下，擅自从事出版物发行业务。
   • 执法部门依法取缔了其违法行为，并没收了未售出的出版物39册。
   • 考虑到当事人主观故意程度较低、认识态度较好、违法所得较少等因素，执法部门对其作出了罚款100元的从轻处罚决定。

2. 大石桥市文化市场综合行政执法队行政处罚案例：

   • 当事人大石桥市昊云添百货商贸店在未办理《出版物经营许可证》的情况下，从事网络书店经营活动。
   • 执法部门依法对其进行了立案调查，并确认了其违法事实。
   • 虽然具体处罚决定未在提供的信息中明确，但根据相关法律法规，该当事人同样面临取缔、没收出版物及违法所得、罚款等处罚措施。

四、建议

1. 合法经营：书店在从事出版物发行业务前，务必依法办理《出版物经营许可证》，确保合法经营。

2. 了解法规：书店经营者应了解并遵守相关法律法规，避免因无知而违法。

3. 积极配合调查：若书店因无证经营被执法部门查处，应积极配合调查，如实提供相关信息，争取从轻或减轻处罚。

综上所述，书店无证经营将面临取缔、没收出版物及违法所得、罚款等处罚措施。具体处罚数额将根据违法行为的情节、社会危害程度等因素进行综合考量。因此，书店经营者应务必依法办理相关证件，合法经营。