股东直接付款给乙方一般不算注册资本，但具体是否构成注册资本的实缴，需结合以下情况综合判断：

1. 若该款项未明确作为注册资本投入
   若股东与乙方（公司）未签订书面协议，或协议中未明确约定该款项性质为“注册资本实缴”，且未履行法定验资程序（如委托会计师事务所出具验资报告），则该款项通常被认定为股东对公司的借款、赠与或其他往来款，而非注册资本。此时，公司需按实际交易性质处理账务（如计入“其他应付款”或“资本公积”），并可能涉及税务问题（如借款利息的税务处理）。

2. 若该款项明确作为注册资本投入
   若股东与乙方（公司）签订书面协议，明确约定该款项为“注册资本实缴”，且符合以下条件，则可认定为注册资本：

   • 程序合法性：需完成法定程序，包括修改公司章程、股东会决议、工商变更登记（如增资需办理变更登记），并委托会计师事务所出具验资报告（现行公司法对非货币出资仍要求验资，货币出资一般无需强制验资，但实务中建议验资以避免纠纷）。
     
   • 实际到账：款项需实际转入公司账户，而非股东个人账户或乙方指定账户（除非公司明确授权）。若款项未进入公司账户，可能被认定为股东与乙方之间的私人交易，与公司注册资本无关。
     
   • 用途合规性：注册资本需用于公司经营，若股东直接将款项支付给乙方（如供应商、员工等）且未通过公司账户，可能被认定为抽逃出资或未履行出资义务，需承担法律责任。

3. 特殊情形：代垫出资或过桥资金
   若股东通过第三方（如乙方）代垫出资，后续需将款项转入公司账户并完成法定程序，否则可能被认定为“未实际出资”。例如，股东与乙方约定由乙方先行垫付出资，股东后续偿还，但未履行实缴手续的，仍视为未出资。

建议：

• 若股东拟通过付款完成出资，应签订书面协议明确款项性质，并通过公司账户完成转账，保留转账凭证、验资报告等证据。
  
• 若公司已收到款项但未明确性质，建议尽快补办手续（如签订协议、验资、变更登记），避免被认定为“抽逃出资”或“未履行出资义务”。
  
• 若涉及复杂交易结构（如股权置换、非货币出资等），建议提前咨询律师设计合规方案。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。