关于土地流转农田种树是否合法以及协议是否有效的问题，结论如下：
土地流转农田种树的合法性：
- 合法性前提：农田作为农业用地，其用途受到法律的严格保护。根据《土地管理法》和《农村土地承包法》的相关规定，农田主要用于农业生产，不得擅自改变其农业用途。因此，若要将农田流转用于种树，必须确保这一行为符合法律法规的允许范围，或者已经依法办理了土地用途变更手续。
- 特殊情况：在某些特定情况下，如生态修复、林业发展等，政府可能会鼓励或允许在农田上种树。但这种情况下，通常需要经过严格的审批程序，并符合相关的规划和政策要求。
- 非法后果：若未经批准擅自将农田流转用于种树，可能构成违法用地行为，面临土地管理部门的处罚，包括责令恢复原状、罚款等。
土地流转协议的有效性：
- 有效条件：土地流转协议的有效性取决于多个方面，包括主体适格、意思表示真实、内容合法且不违反公序良俗，以及符合相关法律法规关于土地流转的规定和程序。具体来说：
- 主体适格：流转双方必须具备相应的民事行为能力，且转出方必须是土地承包经营权人。
- 意思表示真实：流转协议必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 内容合法：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，特别是不得改变土地的农业用途（除非经过法定审批程序）。
- 程序合法：土地流转需经过发包方（如村集体经济组织或村民委员会）的同意或备案，并符合其他法定程序。
- 无效情形：若土地流转协议存在主体不适格、意思表示不真实、内容违法或程序违法等情形，则协议可能无效或部分无效。例如，若转出方非土地承包经营权人，或协议中约定改变土地农业用途但未经过法定审批程序，则协议可能无效。
具体建议：
- 咨询与审批：在考虑将农田流转用于种树前，建议先咨询当地土地管理部门或农业部门，了解相关政策和审批程序。若符合政策要求且经过审批，则可以依法进行流转和种树。
- 协议审查：在签订土地流转协议前，务必仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律法规要求，并明确双方的权利和义务。如有需要，可以请专业律师进行审查或提供法律意见。
- 风险防范：在流转过程中，要注意防范各种风险，如对方违约、土地被征收等。可以通过在协议中约定违约责任、争议解决方式等条款来降低风险。
示例说明：
假设某村民甲拥有一块农田的承包经营权，他计划将这块农田流转给村民乙用于种树。在这种情况下：
- 若甲和乙未经任何审批程序就签订了流转协议，并约定将农田用于种树，则这一行为可能构成违法用地行为，协议也可能因内容违法而无效。
- 若甲和乙在签订流转协议前咨询了当地土地管理部门，并得知在符合一定条件下可以办理土地用途变更手续用于种树。于是他们按照要求办理了相关手续，并签订了合法有效的流转协议。则这种情况下，他们的行为是合法的，协议也是有效的。
综上所述，土地流转农田种树的合法性以及协议的有效性取决于多个方面。在实际操作中，务必严格遵守相关法律法规和政策要求，确保流转行为的合法性和协议的有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。