“押三付三”的厂房出租方式在法律上并无禁止性规定，因此其本身是合法的。不过，这一做法的合法性及具体实施效果还需结合以下多个角度进行详细分析：

一、合同自由原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在厂房租赁合同中，双方当事人可以就租金支付方式、押金数额等条款进行协商，只要这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，“押三付三”作为租金支付和押金收取的一种方式，只要双方达成一致，就是合法的。

二、押金的作用与限制

押金在租赁合同中通常作为承租人履行合同义务的担保。如果承租人违反合同约定，出租人有权扣除相应押金作为赔偿。然而，押金的数额应当合理，不能过高或过低。虽然法律没有明确规定押金的具体数额上限，但过高的押金可能会加重承租人的负担，甚至可能被视为变相提高租金，从而引发纠纷。因此，在设定押金数额时，双方应充分考虑租赁物的价值、租赁期限、承租人的信用状况等因素，确保押金数额合理。

三、租金支付方式的合理性

“押三付三”意味着承租人需要一次性支付三个月的租金和三个月的押金。这种支付方式对于承租人来说，资金压力相对较大。然而，如果承租人经济状况良好，且愿意接受这种支付方式，那么它是合法的。同时，出租人也可以考虑提供更为灵活的支付方式，如按月支付租金等，以减轻承租人的资金压力，促进合同的顺利履行。

四、合同条款的明确性

无论采用何种租金支付方式和押金收取方式，双方都应在租赁合同中明确约定相关条款。这包括租金的数额、支付方式、支付时间、押金的数额、扣除条件等。明确的合同条款有助于减少纠纷的发生，保护双方的合法权益。

五、实际操作中的建议

1. 充分协商：在签订租赁合同前，双方应充分协商租金支付方式和押金数额等条款，确保双方都能接受并理解这些条款的含义和后果。
2. 明确约定：在合同中明确约定租金支付方式、押金数额及扣除条件等条款，避免模糊不清或产生歧义。
3. 保留证据：双方应妥善保管与租赁合同相关的证据材料，如租金支付凭证、押金收据等，以备不时之需。

总结来说，“押三付三”的厂房出租方式在法律上并无禁止性规定，只要双方达成一致且合同条款明确合理，就是合法的。然而，在实际操作中，双方应充分考虑各种因素，确保合同的顺利履行和双方的合法权益。如果您在厂房租赁过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询。