作出限期拆除通知书的程序是一个严谨且多步骤的过程，它主要依据《行政强制法》等相关法律法规进行。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、依法作出“基础决定”

首先，行政机关需要依法作出一个“基础决定”，这个决定是后续所有步骤的基础。它通常包含以下内容：

1. 认定违法建筑：明确指出当事人的建筑是违法建筑，这是整个程序的前提。
2. 给予处罚（如适用）：如果违法建筑行为还涉及其他违法行为，如未经批准建设等，行政机关可以依法给予罚款等处罚。
3. 责令限期拆除：明确要求当事人在一定期限内自行拆除违法建筑。

“基础决定”可以以《行政处理决定书》的形式作出，如果分别作出决定，则应当分别以《行政处罚决定书》和《责令纠正违法决定书（通知书）》的形式作出。

二、依法送达“基础决定”

行政机关需要将“基础决定”依法送达给当事人。送达方式应适用《行政强制法》等相关法律法规的规定，确保当事人能够收到并了解决定的内容。

三、制作和送达《催告书》

如果当事人在“基础决定”所规定的期限内没有自行拆除违法建筑，行政机关应当制作《催告书》并依法送达给当事人。《催告书》必须采用书面形式，并载明以下内容：

1. 责令拆除的期限：明确告知当事人拆除违法建筑的最后期限。
2. 拆除方式：如果适用，可以提供拆除的具体方式或建议。
3. 陈述权和申辩权：告知当事人依法享有的陈述和申辩权利。

四、听取当事人的陈述和申辩意见

《催告书》送达后，行政机关应当为当事人提供合理的期限和方式，听取当事人的意见。听取意见的期限不能过短，要保证5日及以上，以确保当事人有足够的时间准备和表达自己的观点。听取意见可以是书面形式，也可以提供听证机会。行政机关应当对当事人的意见进行考量，正确的应当吸收并调整自己的行为，不正确的可以不接受并予解释。

五、作出并送达《强制执行决定》

经催告，如果当事人逾期仍不拆除违法建筑且无正当理由，行政机关应当作出《强制执行决定》。《强制执行决定》必须采取书面形式，并载明下列事项：

1. 当事人的基本信息：包括姓名或名称、地址等。
2. 强制执行的理由和依据：明确说明强制执行的原因和法律依据。
3. 强制执行的方式和时间：详细描述强制执行的具体方式和时间安排。
4. 申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限：告知当事人如果不服决定，可以申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限。
5. 行政机关的名称、印章和日期：确保决定的正式性和有效性。

六、等待当事人申请行政复议或提起行政诉讼

根据《行政强制法》的特别规定，对于违法建筑的强制拆除，必须以当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼为必要条件。这里的行政复议和行政诉讼都是针对《强制执行决定》的。

七、实施强制拆除前的公告

在实施强制执行前，行政机关必须发出公告。公告的内容应当与催告书、强制执行决定的内容一致，旨在再次催告当事人自我履行，并便于公众知晓和配合。公告也是一种很好的法治教育形式，有利于培育法治社会的建成。

八、实施强制拆除

当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关才可以依法强制拆除。违法建筑是违反乡村建设规划的，由乡、镇人民政府强制拆除；违法建筑是违反城镇规划的，由建设工程所在地县级以上地方人民政府决定强制执行并可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。对于其他违法建筑，由其他单行法律所规定的有关行政机关强制拆除。如果行政机关没有强制执行权，则应当申请人民法院强制执行。

综上所述，作出限期拆除通知书的程序是一个涉及多个步骤和环节的复杂过程，需要行政机关严格依法进行，确保当事人的合法权益得到保障。