农民土地2000年被村里收回，需根据具体情况判断处理方式，核心结论如下：

1. 确认收回程序是否合法
   根据《土地管理法》（2004年修正前）及当时政策，农村土地归集体所有，但农民享有承包经营权。若村里收回土地时未履行法定程序（如未召开村民会议、未报乡镇政府批准、未给予合理补偿等），则可能构成违法收回。

   • 若程序违法：可向乡镇政府或县级农业农村部门投诉，要求撤销收回决定，恢复土地承包经营权；若土地已被转包或占用，可主张赔偿损失。
     
   • 若程序合法：需进一步分析收回原因（如农民自愿交回、因抛荒被收回、因征收被收回等），再确定后续权利。

2. 核查收回原因及依据

   • 自愿交回：若农民当时书面同意交回土地，且未受胁迫或欺诈，一般难以主张返还，但可要求按当时政策或协议获得补偿。
     
   • 因抛荒被收回：根据《土地管理法》第37条（1998年版本），连续两年弃耕抛荒的，村集体可收回土地，但需提前告知农民并给予改正机会。若未履行告知程序，可主张收回无效。
     
   • 因征收被收回：若土地被政府征收用于公共利益（如修路、建学校等），村集体需配合征收程序，农民应获得土地补偿费、安置补助费等。若未获得补偿，可向征收部门主张权利。

3. 主张权利的时效问题
   根据《民法典》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效为三年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。但土地承包经营权纠纷可能适用特殊规定（如《农村土地承包法》第56条），且若农民长期不知情或存在不可抗力，时效可能中止或延长。

   • 建议：即使超过三年，仍可尝试通过协商、投诉或诉讼主张权利，但需提供证据证明时效未过期（如持续主张权利的书面材料、证人证言等）。

4. 具体行动建议

   • 收集证据：查找土地承包合同、交回土地的书面材料、征收文件、补偿协议等，证明土地权属及收回过程。
     
   • 协商解决：与村集体沟通，要求说明收回依据并协商补偿方案。
     
   • 行政投诉：向乡镇政府、县级农业农村局或自然资源局投诉，要求调查处理。
     
   • 诉讼途径：若协商和投诉无果，可向法院起诉，主张确认收回行为违法、返还土地或赔偿损失。

总结：土地被收回是否合法需结合程序、原因和证据判断，建议优先通过协商或行政途径解决，必要时启动法律程序。如有具体材料或细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。