在刑事案件中，证券冻结后是否会被扣押，这主要取决于证券是否与案件相关以及案件的具体情况。以下从几个方面为你详细分析：
一、证券冻结的法律依据与程序
根据我国法律规定，公安机关在侦查犯罪的过程中，如果认为有必要，可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产。这一措施是为了防止犯罪嫌疑人转移、隐匿财产，确保案件的顺利侦查和后续的审判工作。冻结证券的程序通常包括：公安机关作出冻结决定，向相关金融机构发出冻结通知，金融机构根据通知对证券进行冻结。
二、证券冻结后是否会被扣押
与案件相关的证券：
- 如果冻结的证券被认定为与案件直接相关，例如是犯罪所得、用于犯罪的工具或资金等，那么这些证券在案件侦查、审判过程中很可能会被扣押。扣押的目的是为了保全证据，防止财产流失，确保后续的刑事处罚（如罚金、没收财产等）能够得到有效执行。
与案件无关的证券：
- 如果冻结的证券经查明确实与案件无关，那么根据法律规定，公安机关应当在三日以内解除冻结，予以退还。这意味着，如果证券只是被错误地冻结，或者与案件没有直接联系，那么它们不会被扣押，而是会及时返还给原所有人。
三、特殊情况下的证券冻结与扣押
重大、复杂案件：
- 对于重大、复杂案件，经设区的市一级以上公安机关负责人批准，冻结证券的期限可以延长至一年。在这期间，如果证券被认定为与案件相关，且需要作为证据或执行刑事处罚的依据，那么它们可能会被扣押。
续冻与解冻：
- 冻结期限届满前，公安机关可以根据需要办理续冻手续。但每次续冻期限最长不得超过六个月（或一年，对于重大、复杂案件）。如果案件侦查终结或证券被证实与案件无关，公安机关应当及时解冻证券。
四、当事人的权利与救济途径
查询与异议：
- 被冻结证券的当事人有权向银行或相关金融机构查询冻结原因及具体公安机关，并对冻结提出异议。如果认为冻结措施不当或证券与案件无关，可以与作出冻结决定的公安机关联系，要求解冻。
申诉与控告：
- 如果公安机关及其侦查人员对与案件无关的财物采取查封、冻结措施，或者明显超出涉案范围查封、冻结财物，当事人及其辩护律师、诉讼代理人、利害关系人有权向该机关申诉或者控告。对处理决定不服的，还可以向上级公安机关或者同级人民检察院申诉。
总结与建议：
在刑事案件中，证券冻结后是否会被扣押取决于证券是否与案件相关以及案件的具体情况。如果证券与案件相关且需要作为证据或执行刑事处罚的依据，那么它们可能会被扣押。反之，如果证券与案件无关或被错误冻结，那么它们应当被及时解冻并返还给原所有人。
如果你或你身边的人遇到了证券被冻结的情况，建议及时与作出冻结决定的公安机关联系，了解冻结原因并寻求法律帮助。作为专业律师，我擅长处理刑事辩护、暴力犯罪、律师会见、死刑辩护、取保候审、毒品犯罪等领域的问题，如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。