谅解书的协议上仅写明由甲方持有，这一做法在法律上并不具有绝对的合理性或不合理性，其合理性取决于双方的具体约定和协议的目的。以下从不同角度进行分析：

1. 协议持有与法律效力：

   • 谅解书协议本身是一种双方自愿达成的协议，其法律效力并不取决于协议由哪一方持有。只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议就具有法律效力。
   • 协议由甲方持有，并不意味着乙方就失去了对协议内容的知情权或权益。如果乙方需要了解协议内容或履行协议义务，甲方有义务提供协议副本或相关信息。

2. 协议持有的实际影响：

   • 从实际操作的角度看，如果协议仅由甲方持有，可能会给乙方在后续履行或监督协议时带来一定的不便。例如，如果乙方需要证明某些事实或主张某些权利，可能需要依赖甲方提供的协议副本或相关信息。
   • 如果双方对协议内容存在争议，且协议仅由甲方持有，那么乙方在举证方面可能会面临一定的困难。这可能会增加纠纷解决的成本和时间。

3. 建议与改进：

   • 为了避免潜在的纠纷和不便，建议在谅解书协议中明确约定协议的持有方式。例如，可以约定双方各持一份协议原件，或者约定由第三方（如律师事务所、公证处等）保管协议原件。
   • 如果协议已经签订且仅由甲方持有，乙方可以要求甲方提供协议副本或相关信息，以确保自己的权益不受损害。如果甲方拒绝提供，乙方可以考虑通过法律途径解决纠纷。

4. 法律后果与风险：

   • 如果因为协议仅由甲方持有而导致乙方无法履行协议义务或主张权利，乙方可能会面临违约责任或权益受损的风险。
   • 在极端情况下，如果甲方利用协议仅由自己持有的优势进行欺诈或恶意行为，乙方可能需要通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结来说，谅解书的协议上仅写明由甲方持有并不具有绝对的合理性或不合理性。为了避免潜在的纠纷和不便，建议在协议中明确约定协议的持有方式。如果协议已经签订且存在此类问题，双方应积极沟通协商解决，必要时可以寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。