可以保全分公司账户存款，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 分公司财产独立性对保全的影响
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。但若分公司存在独立财产（如独立核算账户、自有资产），且该财产与总公司财产可区分，法院在执行阶段可能允许保全分公司账户存款。例如，分公司以自身名义签订合同并收取款项，其账户资金可被视为责任财产。

2. 保全的法律依据与程序要求
   依据《民事诉讼法》第一百零三条，保全需满足“可能因当事人一方的行为使判决难以执行”等条件。若起诉总公司时，发现分公司账户资金与案件存在直接关联（如分公司实际参与经营、资金混同），可向法院申请保全。此时需提供初步证据证明分公司财产与总公司责任存在关联性，例如资金往来凭证、合同履行地等。

3. 实务中的关键考量因素

   • 财产混同证明：若总公司与分公司存在财务混同（如资金随意调拨、账目不分），法院可能认定分公司财产为总公司责任财产，从而允许保全。
     
   • 执行便利性：即使分公司财产独立，法院也可能基于执行效率考虑，优先保全分公司账户，尤其是当总公司财产难以查控时。
     
   • 第三人异议风险：若分公司提出异议，主张账户资金独立于总公司，法院将审查财产归属，此时需原告进一步举证。

建议行动步骤：

1. 调查分公司财产状况（如银行账户、资产登记信息）；
   
2. 收集总公司与分公司财产混同的证据（如审计报告、资金往来记录）；
   
3. 在起诉时同步申请财产保全，明确列明分公司账户信息及保全理由；
   
4. 关注分公司可能提出的异议，并准备反驳证据。
   

若需进一步分析具体案件中的保全可行性，可提供更多细节（如分公司经营模式、资金往来情况等），我将结合实务经验为您详细解答。