结论前置：员工旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。下面我将从法律依据、合理性分析以及企业正确处理方式三个维度为你详细解释。
法律依据与合法性判断
《劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这意味着用人单位必须按照约定支付劳动报酬，任何扣款行为都需有法定依据。旷工一天扣三天工资，显然超出了对旷工行为合理回应的范畴，缺乏直接的法律依据。
《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可扣除当月工资的20%，但扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。该条款仅允许在特定情形下有限度扣款，且未授权“旷一罚三”的惩罚性扣款。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此直接扣三天工资缺乏明确的法律依据。
《劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。旷工一天扣三天工资的做法，显然违反了这一规定，侵犯了劳动者的劳动报酬权利。
合理性分析
违反比例原则：旷工行为与三倍工资的处罚明显失衡。例如，某员工日薪300元，旷工一天被扣900元，这种远超实际损失的处罚既不合理也不公平。它违背了法律中的比例原则，即处罚应当与违法行为造成的后果相适应。
涉嫌变相罚款：根据《行政处罚法》，罚款权专属于行政机关。企业自行设定高额扣款实质构成非法罚款，可能引发劳动纠纷。旷工一天扣三天工资的做法，实际上是对员工的一种变相罚款，这是不合法的。
损害劳动关系：过度扣款会激化劳资矛盾，降低员工归属感。数据显示，采用合理考勤制度的企业员工流失率比实施惩罚性扣款的企业低37%。旷工一天扣三天工资的做法，无疑会损害劳动关系的和谐稳定，不利于企业的长期发展。
企业正确处理方式
完善规章制度：企业应通过民主程序制定《员工手册》，明确旷工的认定标准和处分梯度。例如，可以规定首次旷工给予警告，二次旷工扣发当日工资，三次旷工则解除劳动合同。这样的规定既合理又合法，能够维护企业的正常运营秩序。
规范扣款流程：企业在扣款前须履行告知义务，出具书面通知并说明事由。扣款金额不得超过当月工资的20%且不得低于最低工资标准。这是为了保障员工的合法权益，防止企业滥用扣款权力。
建立申诉机制：企业应设立劳动争议调解委员会，对扣款异议进行公正裁决，保障员工救济权利。当员工对扣款有异议时，可以通过申诉机制来维护自己的权益，这有助于增强员工对企业的信任感和归属感。
总结与建议：旷工一天扣三天工资的做法在法律上通常是不合法的。企业在处理旷工问题时，应遵守相关法律法规，制定合理、合法的规章制度，并规范扣款流程。同时，建立申诉机制以保障员工的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。