合同取消后，已盖章的合同文件应当根据具体情况进行妥善处理，以避免潜在的法律风险和纠纷。以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 合同取消的法律性质：

   • 合同取消可能基于双方协商一致、合同约定的解除条件成就、一方违约导致另一方行使解除权等多种原因。无论何种原因，合同取消后，原合同的权利义务关系即告终止。

2. 合同文件处理的原则：

   • 保密性：合同文件中可能包含双方的商业秘密、个人隐私等敏感信息，因此处理时应确保这些信息不被泄露。
   • 完整性：在合同取消后，应确保合同文件的完整性，避免被篡改或损毁，以备未来可能出现的法律纠纷或审计需要。
   • 合规性：处理合同文件应符合相关法律法规的规定，如档案管理的规定、数据保护的规定等。

3. 具体处理方式：

   • 双方协商处理：最理想的方式是双方就合同文件的处理达成一致意见，如共同销毁、各自保留副本但加盖“作废”章等。这种方式能够体现双方的合作意愿，减少后续纠纷的可能性。
   • 单方处理并通知对方：如果双方无法就合同文件的处理达成一致意见，一方可以在确保合规性的前提下，单方处理合同文件，并及时通知对方。例如，将合同文件存档并加盖“作废”章，同时向对方发送书面通知说明处理情况。
   • 法律程序处理：在极端情况下，如果合同取消涉及法律纠纷，且合同文件的处理成为争议焦点之一，那么可能需要通过法律程序（如诉讼、仲裁）来确定合同文件的处理方式。

4. 注意事项：

   • 保留证据：在处理合同文件时，应保留好相关证据，如销毁合同文件的照片、视频、书面通知等，以证明自己已经按照合规方式处理了合同文件。
   • 遵守档案管理规定：如果合同文件属于需要长期保存的档案资料，那么应按照相关档案管理规定进行保存和管理，即使合同已经取消。
   • 考虑数据保护：如果合同文件中包含电子数据或个人信息，那么在处理时应遵守数据保护的相关法律法规，确保数据的安全性和隐私性。

建议：在处理已盖章但已取消的合同文件时，务必谨慎对待，确保处理方式的合规性、保密性和完整性。如果双方无法就处理方式达成一致意见，或者对处理方式存在疑虑，可以寻求专业法律人士的帮助，以确保自己的权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。