结论前置：工资一天扣三天是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。通常情况下，这种做法是不合法的，因为它可能违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
合法情况分析
规章制度依据明确且程序合法：
- 如果用人单位通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些特定情形下（如严重旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且扣除的比例和方式符合法律法规的规定，那么这种扣除行为可能具有合法性基础。但即便如此，“工资一天扣三天”的做法也往往超出了合理范围，除非规章制度中有特别明确且合理的规定。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿金额应从劳动者工资中扣除时，需遵循一定限制：每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。“工资一天扣三天”的做法显然不符合这一限制。
不合法情况分析
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
规章制度不合法或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础。
扣除比例不合理：
- 即便劳动者存在违规行为，用人单位扣除工资的比例也应合理，不得超出法律法规规定的范围。“工资一天扣三天”的做法显然超出了合理范围，可能被视为对劳动者的不公平对待。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁机构或法院将根据法律法规和事实情况作出公正裁决。
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
综上所述，工资一天扣三天的做法通常是不合法的。劳动者在遇到此类情况时，应了解自己的合法权益，并通过沟通协商、投诉举报或劳动仲裁等途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。