农民工遭遇老板克扣工资时，可以通过以下多种合法途径来维护自身权益：

1. 优先协商解决：

   • 直接沟通：首先，尝试与老板进行直接、平和的沟通，明确表达自己对工资被扣的不满和诉求，要求支付被克扣的工资，并协商具体的支付时间和方式。这是最直接且成本最低的解决方式。
   • 借助中间人：若直接沟通无果，可寻求共同认识的、有威望的中间人（如包工头、当地有影响力的人士）进行调解，以促使双方达成和解。

2. 向相关部门投诉：

   • 劳动监察部门：携带个人身份证、劳动关系证明材料（如劳动合同、工资条、工作证等）及克扣工资的证据，到当地劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法调查，一旦查实，将责令用人单位限期支付工资，并可能加付赔偿金。根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
   • 建设部门（针对建筑领域）：若属建筑领域的农民工，还可向当地建设部门投诉。建设部门将对施工单位进行监管，并采取必要措施（如暂停项目施工、限制企业招投标等）督促其解决工资克扣问题。

3. 申请劳动仲裁：

   • 提交仲裁申请：准备仲裁申请书及相关证据材料（如劳动合同、工资发放记录、考勤记录等），向当地劳动争议仲裁委员会提出申请。
   • 仲裁审理：仲裁委员会受理申请后，将安排开庭审理。双方当事人需进行举证、质证和辩论。仲裁庭将依据法律和事实作出裁决。
   • 裁决执行：若农民工胜诉而老板未履行裁决，可向人民法院申请强制执行，确保裁决得到落实。

4. 向法院起诉：

   • 民事诉讼：对于形成劳务关系而非劳动关系的农民工，可直接向人民法院提起民事诉讼，要求支付被克扣的工资。需提供证明劳务关系及克扣工资数额的证据。
   • 刑事诉讼（极端情况）：若老板以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动报酬，且数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付，则构成拒不支付劳动报酬罪。农民工可向公安机关报案，由司法机关依法追究老板的刑事责任，并通过刑事附带民事诉讼要求支付工资。

5. 寻求法律援助：

   • 对于经济困难且无法委托代理人的农民工，可向当地法律援助机构申请法律援助。法律援助机构将为符合条件的农民工指派律师，免费提供法律服务，助力维权。

6. 利用政府相关政策和渠道：

   • 各地政府通常都设有农民工维权办公室等专门机构或开通相关维权渠道，农民工可以通过这些渠道反映问题，寻求帮助。同时，可积极关注并利用政府开展的农民工工资支付专项检查等行动来维护自身权益。

在维权过程中，农民工需要注意以下几点：

• 保留好相关证据：如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等，这些证据在投诉、仲裁或诉讼过程中都至关重要。
• 遵守法律法规：在维权过程中，应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致自身权益受损。
• 及时行动：一旦发现工资被克扣，应尽快采取行动，以免错过维权时机。

法律后果提示： 如果用人单位以转移财产、逃匿等方法逃避支付农民工的劳动报酬，或者有能力支付而不支付，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成拒不支付劳动报酬罪。根据刑法规定，犯此罪的将受到相应的刑事处罚。

综上所述，农民工在面对工资被克扣的问题时，应积极采取措施维护自己的合法权益，通过合法途径维权，不仅能够有效解决问题，还能保护自身的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。