在职员工申请劳动仲裁是维护自身合法权益的重要途径，以下是一个详细且全面的指南，帮助您了解整个流程：
一、确认仲裁受理范围和时效
首先，您需要确认您的争议是否属于劳动仲裁的受理范围。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动仲裁主要受理以下六类争议：
- 确认劳动关系的争议；
- 劳动合同订立、履行、变更、解除和终止过程中的争议；
- 除名、辞退、辞职和离职引发的争议；
- 工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训及劳动保护相关争议；
- 劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等支付争议；
- 法律、法规规定的其他劳动争议。
同时，您需要注意仲裁时效。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。若劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，申请仲裁不受一年时效限制；但劳动关系终止后，应自终止之日起一年内提出。
二、收集关键证据
证据是仲裁成功的基石。您应重点收集以下两类证据：
- 劳动关系证明：如劳动合同、工资条、银行转账记录、工作证、考勤记录及同事证言等，这些证据能证明您与用人单位之间存在劳动关系。
- 诉求支持证据：针对您的具体诉求，如加班工资需提供加班通知、考勤记录；工伤赔偿则需工伤认定决定书、医疗费用票据等，这些证据能支持您的仲裁请求。
三、确定管辖仲裁委员会
劳动争议由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。若双方分别向两地申请，则由劳动合同履行地的仲裁委员会管辖。您需要确定哪个仲裁委员会对您的案件有管辖权。
四、准备仲裁申请书
仲裁申请书是您向仲裁委员会提出仲裁请求的重要文件。它应详细载明以下内容：
- 您与用人单位的基本信息，包括姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所及法定代表人信息等；
- 明确的仲裁请求及所依据的事实、理由；
- 证据清单，包括证据名称、来源及证人信息等。
申请书需提交正本一份，按被申请人人数提供副本。
五、提交仲裁申请及相关材料
将准备好的仲裁申请书及相关证据复印件（数量与申请书副本相同）提交至选定的仲裁委员会。您可以选择现场提交或邮寄方式（建议使用挂号信或快递，并保留投递凭证）。委员会将在五日内审查，符合受理条件的将予以受理，并通知您；不符合条件的，将书面说明不予受理的理由。
六、参与仲裁程序
- 案件排期与送达：仲裁委员会受理后，会安排开庭时间，并提前通知您。同时，将仲裁申请书副本送达被申请人，要求其在十日内提交答辩书。
- 开庭审理：您需要按时参加庭审，进行举证、质证和辩论。您应清晰陈述主张，提供证据，对对方证据进行质证，并积极参与辩论。若无法亲自参加，需提前请假并委托代理人。
- 调解与裁决：仲裁委员会可能组织调解。若调解成功，制作调解书；若调解不成，根据庭审情况和证据作出裁决，并制作仲裁裁决书。裁决书一般会在十五日内送达双方当事人。
七、执行仲裁结果或提起诉讼
- 执行仲裁结果：若用人单位自觉履行裁决义务，争议解决。若不履行，您可在两年内向人民法院申请强制执行。
- 提起诉讼：若对裁决结果不满，您可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼程序需遵循相关法律规定，建议您在此阶段咨询专业律师。
八、注意事项
- 确保您和用人单位的身份信息准确无误，避免因信息错误导致仲裁申请被驳回。
- 注意仲裁时效，及时提出申请，避免因超过时效而丧失维权机会。
- 收集全面、合法的证据材料，确保仲裁请求的合法性和具体性。
- 遵循法律程序进行操作，保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。
希望这个指南能帮助您顺利申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果您在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。