老板通过微信转账给员工发工资，在符合一定条件且操作规范的前提下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：

合法性依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：该条款规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，并未明确禁止使用电子支付方式。微信转账作为一种电子支付手段，技术上满足货币支付的要求。

2. 《工资支付暂行规定（1994年版）》第六条：此规定指出用人单位应将工资支付给劳动者本人，并可委托银行代发工资，但并未禁止其他合法支付方式，如微信转账。同时，它要求用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。这一要求同样适用于微信转账的情况，即需要保留完整的支付记录。

合法条件

1. 双方约定：用人单位与劳动者应在劳动合同中明确约定通过微信转账发放工资，确保双方对此有清晰的了解和同意。

2. 支付安全与可追溯性：微信转账应确保支付过程的安全，避免资金损失或被盗用。同时，应保留完整的转账记录，以便在需要时能够证明工资的支付情况。

3. 税务合规性：无论通过何种方式发放工资，企业都应如实申报并缴纳税款。微信发工资需确保税务申报的合规性，避免逃税嫌疑。用人单位应依法履行代扣代缴个人所得税等义务，确保社保、个税缴纳基数准确。

潜在问题与注意事项

1. 证据留存难：微信转账记录作为电子证据，其证明效力可能相对较弱，且易被篡改或删除。因此，建议保存微信转账记录截图、聊天记录、工资确认信息等相关资料，并签订工资支付协议以增强证据效力。

2. 税务风险：隐瞒工资收入、虚假申报个人所得税等可能导致税务违法行为。微信转账的隐蔽性增加了税务机关的监管难度，因此用人单位应确保如实申报个人所得税，并配合税务机关的检查。

3. 操作建议：为确保资金安全性和便于管理，建议优先通过正规银行渠道发放工资。如选择微信转账，应制定详细的操作流程，明确时间、方式、金额等细节，并建立健全工资支付台账。

综合建议

虽然微信转账发工资在一定条件下合法且便捷，但为保障双方权益和减少潜在风险，建议用人单位优先考虑通过正规银行渠道发放工资。同时，应完善劳动合同中的工资支付条款，确保支付的合法性与安全性。在选择支付方式时，应充分考虑税务合规性、证据保留以及操作便利性等因素。如果确实需要使用微信转账发放工资，务必确保操作规范、记录完整，并遵守相关法律法规和税务规定。