关于“有单位盖章有法人签字但字迹非法人本人的协议是否有效”的问题，结论如下：

1. 一般情况下，协议有效
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公司作为独立民事主体，其盖章行为通常被视为公司的真实意思表示，具有法律效力。即使法人签字字迹非本人所写，但若公司已盖章，且合同内容合法、双方具备民事行为能力、意思表示真实，协议一般有效。

2. 需结合具体情形判断
   若存在以下特殊情况，协议效力可能受影响：

   • 公司章程或合同特别约定：若公司章程明确规定“协议需法人签字且盖章生效”，或合同中约定“本协议自法人签字并盖章之日起生效”，而法人签字字迹非本人所写（且无法证明法人授权他人代签），则协议可能因未满足生效条件而无效。
     
   • 签字行为构成表见代理：若法人签字由他人代签，但相对方有理由相信代签人有代理权（如代签人长期代表公司签署类似协议，或公司曾出具授权委托书），则可能构成表见代理，协议仍有效。但若相对方明知签字非法人本人且无授权，则协议可能无效。
     
   • 存在欺诈、胁迫等情形：若签字行为系因欺诈、胁迫、恶意串通等导致，即使协议已盖章，其效力也可能被否定（根据《民法典》第一百四十八条至第一百五十四条）。

3. 实务建议

   • 核实签字真实性：若对法人签字存疑，可要求法人出具书面确认函，或通过笔迹鉴定等方式验证签字真实性。
     
   • 审查公司章程及合同条款：确认是否存在对签字形式的特殊要求，避免因程序瑕疵导致协议无效。
     
   • 保留履行证据：若协议已实际履行（如付款、交货等），且对方未提出异议，可依据《民法典》第四百九十条第二款，主张协议因实际履行而生效。
     

示例说明：
假设A公司与B公司签订采购协议，A公司盖章且“法人”签字，但签字实际为A公司员工代签（无法人授权）。若B公司不知情且无理由相信该员工有代理权，则协议可能因法人签字无效而影响整体效力；但若A公司后续按协议履行了供货义务，B公司接受且未提出异议，则协议仍可能被认定为有效。

总结：协议效力需结合盖章真实性、签字授权情况、合同条款及履行行为综合判断。若您遇到具体纠纷，可直接向我咨询，我会结合协议内容及证据材料为您详细分析。