结论：要证明父亲在不知情的情况下，拆迁款被爷爷拿走，需要收集一系列证据来支持这一主张。以下是从不同角度给出的分析和建议。
一、证据收集的角度
赠与协议或相关文件：
- 首先，需要找到父亲赠与儿子商铺的书面协议或相关文件。这些文件应明确记载赠与的意愿、商铺的具体信息以及赠与的时间等关键要素。
- 如果赠与是通过口头方式进行的，那么需要寻找其他证据来佐证这一事实，如证人证言、录音录像等。
拆迁通知及补偿协议：
- 收集商铺拆迁的通知、公告或相关政府文件，以证明商铺确实面临拆迁。
- 获取拆迁补偿协议或相关文件，这些文件应详细记录拆迁补偿的金额、支付方式以及支付对象等信息。
银行转账记录或收据：
- 如果拆迁款是通过银行转账方式支付的，那么需要收集相关的银行转账记录，以证明款项的实际流向。
- 如果拆迁款是以现金形式支付的，那么需要收集收据或其他能够证明款项已支付的证据。
爷爷的陈述或行为证据：
- 尝试获取爷爷关于拿走拆迁款的陈述或承认，这可以通过录音、录像或书面材料等方式进行固定。
- 收集爷爷实际使用或处置拆迁款的证据，如购买物品、投资等行为的记录。
二、法律程序的角度
协商与调解：
- 在收集到一定证据后，可以尝试与爷爷进行协商，寻求和平解决纠纷的方式。
- 如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会等。
提起诉讼：
- 如果协商和调解均无法解决问题，那么可以考虑向法院提起诉讼，要求爷爷返还非法占有的拆迁款。
- 在提起诉讼前，需要确保已收集到足够的证据来支持自己的主张，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。
三、注意事项
证据的真实性与合法性：
- 在收集证据时，必须确保证据的真实性和合法性。任何伪造或篡改的证据都可能导致法律后果，并损害自己的信誉。
及时行动：
- 拆迁款被非法占有后，应尽快采取行动来收集证据并寻求法律救济。时间拖得越久，证据可能越难以收集，且可能面临诉讼时效等法律问题。
咨询专业律师：
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，并帮助制定合适的诉讼策略。不过，在这里你已经直接向我咨询了，我会尽我所能为你提供帮助。
四、可能面临的法律后果
- 如果爷爷确实非法占有了拆迁款，并且无法提供合理的解释或证据来支持自己的行为，那么他可能需要承担返还拆迁款、赔偿损失等法律责任。
- 如果父亲在赠与商铺时存在瑕疵或违反了相关法律法规，那么这可能影响他对拆迁款的权益主张。
五、进一步建议
- 在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免加剧矛盾并损害自己的利益。
- 积极与相关部门和机构沟通合作，如拆迁部门、银行等，以获取更多有用的信息和支持。
如果你有任何进一步的疑问或需要更多的帮助，请随时向我咨询。