公司申请的林权证权属通常归公司所有，但具体权属情况需结合申请主体、林地来源及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 申请主体与权属关系
   若公司以自身名义依法申请林权证，且林地来源合法（如通过出让、承包、拍卖等方式取得），则林权证登记的权属主体为公司，公司享有林地的使用权、经营权及相关收益权。此时权属清晰，公司可作为权利主体行使物权。

2. 林地来源的合法性审查

   • 国有林地：若公司通过招标、拍卖、挂牌等公开方式从林业主管部门取得国有林地使用权，需签订书面合同并缴纳出让金，林权证权属归公司。
     
   • 集体林地：若公司通过承包方式取得集体林地经营权，需经村民会议三分之二以上成员同意，并签订承包合同，林权证权属归公司，但集体保留所有权。
     
   • 流转取得：若公司从其他主体受让林地经营权，需办理权属变更登记，林权证权属随之转移至公司。

3. 权属争议的特殊情形

   • 历史遗留问题：若林地存在权属争议（如集体与国有边界模糊、承包合同瑕疵），公司虽持有林权证，但可能面临行政复议或诉讼风险，需通过法律程序确认权属。
     
   • 代持或挂靠情形：若公司名义申请但实际权利人为个人或其他主体，可能因违反《公司法》或《森林法》导致林权证无效，权属归实际出资人或按约定处理。

4. 法律保护与限制

   • 物权效力：林权证是公司享有林地物权的法定凭证，受《民法典》物权编保护，公司可依法抵押、流转或处分林地。
     
   • 行政限制：公司需遵守《森林法》关于林地用途管制的规定，不得擅自改变林地用途（如转为建设用地），否则可能面临行政处罚或权属撤销。

建议：若公司涉及林权证权属争议或交易，需重点审查林地来源合同、登记程序合法性及是否存在权利限制，必要时可委托律师进行尽职调查或提起确权诉讼。如有具体案件，可直接向我咨询细节。