关于甲指分包合同未约定总包配合费能否扣除的问题，结论需分情况讨论：
若总包实际提供了配合服务：
- 法律视角：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或交易习惯确定。若总包实际提供了配合服务（如提供施工条件、协调管理、安全保障等），且该服务属于行业惯例或合同履行中必要内容，即使未明确约定配合费，总包仍有权主张合理费用。
- 实务建议：总包可收集证据（如工作联系单、会议纪要、现场照片等）证明配合服务的存在及范围，并参考行业惯例或当地造价部门发布的指导价，与分包方协商确定费用。若协商不成，可通过诉讼或仲裁主张权利。
若总包未提供配合服务：
- 法律视角：若总包未实际履行配合义务，分包方无需支付配合费。此时，分包方可主张总包未履行合同附随义务（如协助义务），并要求总包承担违约责任（如赔偿损失、顺延工期等）。
- 实务建议：分包方应保留证据证明总包未配合（如书面催告记录、因未配合导致的损失证明等），并在合同纠纷中主张扣除配合费或要求总包赔偿损失。
若合同未约定但地方性法规或行业规范有规定：
- 法律视角：部分地方性法规或行业规范可能对总包配合费的计取有明确规定（如按分包工程造价的一定比例计取）。若合同未约定但地方性法规或行业规范有强制性规定，总包可依据规定主张费用。
- 实务建议：总包应查询当地建设主管部门发布的文件或行业规范，确认是否存在强制性规定，并据此与分包方协商或通过法律途径主张权利。
进一步思考的依据：
- 合同履行中的附随义务：总包作为主承包方，对分包工程负有一定的管理、协调义务，即使未明确约定配合费，也可能因履行附随义务而产生费用。
- 行业惯例的参考价值：在建设工程领域，总包配合费是常见费用项目，行业惯例对费用计取方式（如按比例计取、固定金额计取等）有广泛认可，可作为协商或裁判的参考。
- 证据的重要性：无论是主张配合费还是抗辩扣除，证据都是关键。建议当事人在合同履行过程中注重书面文件的留存（如工作联系单、签证单、会议纪要等），以便在纠纷中证明己方主张。
总结：甲指分包合同未约定总包配合费能否扣除，需结合总包是否实际提供配合服务、地方性法规或行业规范是否有规定等因素综合判断。建议当事人根据具体情况收集证据，并通过协商或法律途径解决纠纷。如有进一步问题，可直接向我咨询。