客运车辆在乡村公路上超速40%以上50%以下，是会受到处罚的。以下是从多个角度对此问题的详细分析：

一、超速比例的计算与认定

首先，我们需要明确超速比例的计算方法。根据公式：\((实际车速 - 限速) \div 限速 \times 100\%\)，若乡村公路限速为40公里/小时，而客运车辆实际车速达到或超过56公里/小时（即超速40%以上，具体为超速40%时车速为56公里/小时，超速50%时车速为60公里/小时，此处分析40%以上50%以下即车速在56至60公里/小时之间），便构成了超速行为。

二、法律依据与处罚标准

1. 记分管理：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的其他机动车（包括客运车辆）在高速公路、城市快速路以外的道路上（如乡村公路）行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的，一次记3分。

2. 罚款规定：

   • 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。超速行驶显然属于违反道路通行规定的行为。

三、地区差异与实际执法

尽管国家有统一的法律法规，但不同地区对于超速的具体执法可能会有所差异。一些地方可能会根据当地实际情况，在法律规定的范围内对超速行为有一定的容忍度，比如规定超速10%或20%以下不予以处罚。然而，这并不意味着超速行为是合法的，只是体现了地方执法的灵活性。对于超速40%以上50%以下的行为，通常已经超出了地方执法的容忍范围，因此会受到处罚。

四、安全驾驶建议

为了避免不必要的法律风险和安全隐患，我强烈建议客运车辆驾驶者严格遵守当地的限速规定。超速行驶不仅可能导致罚款和记分，更重要的是，它极大地增加了交通事故的风险，对驾驶者、乘客以及其他道路使用者的生命安全构成严重威胁。

五、特殊情况说明

如果客运车辆是因为紧急避险、救助危难等特殊情况而超速的，根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，可能可以免除或减轻处罚。但这种情况需要严格的证据支持，并且必须是在确保安全的前提下进行的。

综上所述，客运车辆在乡村公路上超速40%以上50%以下，是会受到处罚的，包括可能的罚款和记分。因此，请务必遵守限速规定，确保安全驾驶。如果你有任何关于交通法规或安全驾驶的疑问，欢迎直接向我咨询。