结论：骑摩托车撞人逃逸后，即使双方协调好，也仍然可能会有案底。具体是否留下案底，取决于多个因素，包括事故的严重程度、是否构成犯罪以及司法机关的处理结果等。
详细分析：
事故严重程度与犯罪构成：
- 如果骑摩托车撞人逃逸的行为构成了交通肇事罪，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪嫌疑人将会受到刑事处罚。在这种情况下，即使双方已经协调好，犯罪记录（即案底）仍然会存在。
- 交通肇事罪的构成通常要求事故造成严重后果，如人员重伤、死亡或重大财产损失。如果事故后果不严重，可能不构成犯罪，但逃逸行为本身可能违反《中华人民共和国道路交通安全法》，受到行政处罚。
司法机关的处理结果：
- 即使双方已经达成和解，司法机关在处理此类案件时，仍然会依法进行调查和审判。如果认定构成犯罪，将会依法追究刑事责任，并留下案底。
- 和解可能作为量刑时的考虑因素之一，但并不能完全消除犯罪记录。
案底的影响：
- 案底是指个人因犯罪行为而留下的记录，它会对个人的社会声誉、就业、出国等方面产生一定影响。
- 即使双方协调好，案底的存在仍然可能对个人未来的生活和工作造成不便。
法律建议：
- 主动承担责任：如果发生交通事故后逃逸，建议尽快主动向公安机关投案自首，并积极配合调查和处理。这有助于减轻法律责任，并可能在一定程度上减少案底对个人未来的影响。
- 寻求法律帮助：在处理此类案件时，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
- 遵守法律法规：无论事故后果如何，都应遵守法律法规，不得逃逸或隐瞒事实。这是每个公民应尽的义务，也是减少法律风险的关键。
后续行动建议：
- 如果您或您身边的人遇到了类似情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律责任和可能的法律后果。
- 同时，应积极配合司法机关的调查和处理工作，以争取更好的处理结果。
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