无证驾驶机动船舶的行政处罚追诉期为二年。以下是详细分析：
法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。无证驾驶机动船舶的行为，通常适用二年的追诉期。
追诉期的起算：追诉期一般从违法行为发生之日起计算。如果违法行为有连续或者继续状态的，则从行为终了之日起计算。对于无证驾驶机动船舶的行为，如果是一次性的违法行为，则从驾驶行为发生之日起计算追诉期；如果存在多次无证驾驶行为，且这些行为之间存在连续或继续状态，则可能从最后一次驾驶行为终了之日起计算。
特殊情况：如果无证驾驶机动船舶的行为造成了严重后果，如导致人员伤亡或重大财产损失，且该行为涉及公民生命健康安全或金融安全，那么追诉期可能会延长至五年。但这种情况需要具体分析，并非所有无证驾驶行为都会导致追诉期延长。
实际执法中的考量：在实际执法过程中，海事管理机构或相关执法部门会依据法律法规，结合违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素，综合判断是否给予行政处罚。如果违法行为在追诉期内被发现，且符合行政处罚的条件，那么执法部门将依法进行处罚。
建议：无证驾驶机动船舶是违法行为，不仅可能面临行政处罚，还可能对自身和他人的生命财产安全造成严重威胁。因此，建议严格遵守相关法律法规，取得相应的驾驶资格后再驾驶机动船舶。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。