结论：网贷逾期三个月的情况下，在农村信用社申请贷款大概率会被拒绝，但具体能否贷款需结合逾期严重程度、信用社政策、贷款类型及申请人综合资质等因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 逾期记录对信用评估的影响

• 信用记录是核心依据：农村信用社在审批贷款时，会通过央行征信系统查询申请人的信用报告。网贷逾期三个月属于较严重的信用污点，可能被信用社认定为“高风险客户”，直接导致贷款申请被拒。
• 逾期程度与后果：若逾期金额较大、次数频繁，或逾期后长期未还款（如进入催收阶段），信用社可能认为申请人还款意愿或能力不足，从而拒绝贷款。即使逾期已结清，短期内信用评分仍可能受影响。

2. 农村信用社的贷款政策差异

• 政策灵活性：农村信用社作为地方性金融机构，贷款政策可能因地区、分支机构而异。部分信用社可能对轻微逾期（如金额小、已结清）采取宽容态度，但逾期三个月通常已超出“轻微”范畴。
• 担保或抵押要求：若申请人能提供足值抵押物（如房产、土地）或找到信用良好的担保人，信用社可能放宽信用要求，但需评估抵押物价值及担保人资质。

3. 贷款类型与用途的影响

• 消费类贷款：如个人信用贷款、小额消费贷等，对信用要求较高，逾期记录可能导致直接拒贷。
• 经营类或农业贷款：若贷款用于生产经营或农业项目，且申请人能提供可行方案、收入证明等材料，信用社可能综合评估后酌情放贷，但逾期记录仍是重要减分项。

4. 申请人综合资质的补救作用

• 收入稳定性：若申请人有稳定收入（如公务员、教师、企业职工）或经营收入（如个体户、农场主），且收入覆盖贷款本息，信用社可能降低对逾期记录的敏感度。
• 其他信用补充：如申请人持有信用卡且使用良好、有其他贷款记录但无逾期，或能提供银行流水证明还款能力，可能部分抵消网贷逾期的影响。

5. 特殊情况与建议

• 逾期记录错误：若逾期记录因银行系统错误、身份盗用等非本人原因导致，可向征信机构提出异议申请，修正后重新申请贷款。
• 协商与沟通：建议主动联系农村信用社客户经理，说明逾期原因（如突发疾病、失业等不可抗力）、当前还款能力及未来计划，争取理解与支持。
• 替代方案：若贷款被拒，可考虑通过亲友借款、民间借贷（需注意合法性）或等待信用恢复（通常需2-5年）后再申请。

总结：网贷逾期三个月对在农村信用社贷款的负面影响显著，但并非绝对无解。建议申请人先自查征信报告，评估逾期严重程度；若条件允许，可尝试提供担保、抵押或证明还款能力；若贷款需求迫切，可咨询信用社具体政策或寻求专业法律协助优化申请方案。