结论：事故认定书下来后付主要责任，和解后是否会有案底，这主要取决于事故的性质以及后续的处理情况。一般来说，普通的交通事故和解后不会留下案底，但如果是涉及刑事犯罪的交通事故，即使和解也可能会有案底。
详细分析：
普通交通事故：
- 在普通的交通事故中，如果事故认定书下来后，您被认定为主要责任方，并且双方选择了和解，那么通常情况下，这不会留下案底。和解是双方自愿达成的协议，旨在解决因事故产生的民事纠纷，如赔偿问题等。
- 和解后，双方会签订和解协议，并可能通过保险公司进行赔偿。这一过程中，不会涉及刑事责任的追究，因此不会留下案底。
涉及刑事犯罪的交通事故：
- 如果交通事故中涉及刑事犯罪，如酒驾、逃逸、故意碰撞等，那么即使双方选择了和解，也可能会有案底。因为这些行为已经触犯了刑法，需要承担刑事责任。
- 在这种情况下，和解可能只是解决了民事赔偿部分的问题，但刑事责任的追究是独立的。即使您与受害方达成了和解，并支付了赔偿金，公安机关仍可能对您进行刑事立案侦查，并可能移送检察机关审查起诉。如果最终被法院判定有罪，那么就会留下案底。
法律建议：
- 如果您在交通事故中被认定为主要责任方，并且事故不涉及刑事犯罪，那么建议您积极与受害方进行和解，以尽快解决纠纷并减少不必要的法律麻烦。
- 如果事故涉及刑事犯罪，那么您应该立即咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，并积极配合公安机关的调查工作。在这种情况下，和解可能无法完全避免刑事责任的追究，但可以在一定程度上减轻您的法律责任。
后续行动：
- 如果您对事故认定书有异议，可以在规定的时间内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。
- 在和解过程中，建议您保留好所有相关的证据和文件，如和解协议、赔偿凭证等，以备不时之需。
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