侵犯注册商标专用权的诉讼时效为三年。这一规定主要依据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，该条款明确指出，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在商标侵权案件中，这一规定同样适用，即商标注册人或者利害关系人在发现侵权行为及侵权人后，应在三年内提起诉讼，以维护自身合法权益。
特殊情况下的处理
持续侵权行为：
- 如果商标注册人或者利害关系人超过三年才起诉，但侵权行为在起诉时仍在持续，并且该注册商标专用权仍有效，那么人民法院仍然会判决被告停止侵权行为。
- 关于赔偿损失的部分，赔偿数额的计算时间并非从侵权行为开始之日起算，而是自权利人向人民法院起诉之日起向前推算三年。这意味着，即使侵权行为已经持续了很长时间，但超出三年的部分将不会被计入赔偿数额的计算中。
诉讼时效的中止与中断：
- 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，若因法定事由（如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人无法定代理人等）导致权利人无法行使请求权，诉讼时效将中止。当中止原因消除后，再经过六个月，诉讼时效期间届满。
- 中断：诉讼时效可因多种原因而中断，包括权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等。一旦诉讼时效中断，原已计算的诉讼时效期间将不再继续，而是从中断时起重新计算三年。
法律建议
- 及时维权：商标注册人或利害关系人在发现侵权行为后，应尽快采取措施，包括收集证据、咨询专业律师等，并在三年内提起诉讼，以避免因超过诉讼时效而丧失维权机会。
- 关注持续侵权：如果侵权行为持续存在，且商标专用权仍然有效，即使超过三年起诉，法院仍会判决停止侵权，并计算赔偿数额。因此，权利人应密切关注侵权行为的动态，及时采取法律行动。
- 注意诉讼时效的中止与中断：在维权过程中，权利人应了解诉讼时效的中止与中断规定，以便在必要时采取合适措施，保护自身权益。
可能的法律后果
- 如果权利人未在三年内提起诉讼，且不存在诉讼时效中止或中断的情形，那么权利人将可能丧失通过法律手段追究侵权者责任的权利。
- 如果侵权行为持续存在，且商标专用权仍然有效，权利人超过三年起诉仍可能获得法院支持，但赔偿数额的计算将受到限制。
综上所述，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为三年，但针对持续侵权行为有特别规定。权利人应密切关注诉讼时效的规定，及时行使自己的权利，并在必要时咨询专业律师以获取更详细的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。