婚内协议一式一份，在符合法定生效要件的情况下，是有效的。不过，为了更好地保障双方的权益并规避潜在风险，我建议双方最好各持一份协议。下面，我将从多个角度为你详细分析这个问题：
法律效力分析
婚内协议的有效性并不取决于协议的份数，而是需要满足一系列法定的生效要件。这些要件包括：
主体合格：签订协议的夫妻双方必须均具备完全民事行为能力，能够理解协议内容并独立表达自己的真实意愿。如果一方存在精神障碍、未成年或受其他因素影响导致无法独立实施民事法律行为，那么所签协议可能无效。
意思表示真实：协议内容必须是夫妻双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违背当事人意愿的情形。例如，如果一方以威胁另一方生命安全或采取其他不正当手段迫使对方签订协议，那么该协议因意思表示不真实而无效。
内容合法：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。同时，协议不能违背公序良俗，如约定限制一方基本人身权利、逃避法定义务等内容均属无效。
形式合法：婚内协议应采用书面形式，明确具体，避免日后产生争议。双方签字确认后，协议即告成立并具有法律约束力。
实践中的风险与建议
尽管从法律层面来看，婚内协议一式一份也有效，但在实践中仍存在一定风险。主要风险在于，如果只有一份协议且由一方保管，保管方可能会私自修改协议内容或隐匿协议，导致另一方在发生纠纷时举证困难。
为了规避这些风险，我建议你采取以下措施：
签订多份协议：最好是夫妻双方各执一份，这样不仅能更好地保障双方的权益，也能在发生纠纷时便于双方举证。
详细罗列财产清单：在协议中明确列出夫妻双方的各类财产，并清晰约定各项财产的归属，以避免日后产生争议。
约定管理、使用、处分等事项：对财产的管理、使用、处分等作出明确约定，以确保双方对财产的处理有明确的预期和依据。
特殊情况下的处理
如果婚内协议中涉及到了子女的抚养、教育等事项，或者涉及到了第三方的权益，那么还需要特别注意以下几点：
子女权益保护：如果协议中约定了子女的抚养、教育等事项，那么必须确保这些约定符合子女的最佳利益，且不得违反法律法规的强制性规定。
第三方权益保护：如果协议内容涉及到了第三方的权益，如约定将某项财产赠与给第三方，那么必须确保该第三方同意并接受赠与，且该赠与行为不得违反法律法规的强制性规定。
综上所述，婚内协议一式一份在符合法定生效要件的情况下是有效的，但为了更好地保障双方的权益并规避潜在风险，我建议双方最好各持一份协议，并在签订前充分沟通、协商，确保协议内容真实、合法、有效。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。