结论概述：针对您提出的“公司被保全诉讼时效已过抗辩，又过了两年了也没见到对方起诉”的情况，这可能涉及诉讼时效届满后的法律效果、对方未起诉的可能原因以及公司应如何应对等多个方面。以下我将从这些角度为您详细分析。

1. 诉讼时效届满后的法律效果：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。这意味着，如果对方在诉讼时效期间内未提起诉讼，且您公司提出了诉讼时效已过的抗辩，那么对方将失去通过法律途径强制您公司履行义务的权利。
   • 诉讼时效届满后，虽然对方失去了胜诉权，但并不意味着双方之间的债权债务关系消灭。如果对方自愿履行，您公司仍有权接受。

2. 对方未起诉的可能原因：

   • 对方放弃权利：对方可能认为诉讼成本过高或胜诉可能性不大，因此选择放弃起诉。
   • 对方正在准备：对方可能正在收集证据或准备诉讼材料，但尚未完成，因此尚未提起诉讼。
   • 对方不知情：对方可能不知道诉讼时效已过，或者对法律程序不熟悉，导致未能及时起诉。
   • 其他原因：如对方经济困难、内部决策延迟等，也可能导致对方未及时起诉。

3. 公司应如何应对：

   • 保持警惕：尽管诉讼时效已过，但对方仍有可能在未知情况下提起诉讼。因此，您公司应继续保留相关证据和文件，以备不时之需。
   • 主动沟通：如果可能，您可以主动与对方沟通，了解对方未起诉的原因，并探讨是否有可能通过协商解决纠纷。这有助于减少不必要的法律纠纷和成本。
   • 咨询专业律师：鉴于法律问题的复杂性，我建议您公司继续咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据您公司的具体情况和对方的可能行动，为您提供更全面的法律策略。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果对方在诉讼时效届满后仍然提起诉讼，您公司应及时向法院提出诉讼时效已过的抗辩。法院将依法审查并作出判决。
   • 如果对方在诉讼时效届满后自愿履行义务，您公司有权接受。但建议在此过程中保留相关证据，以证明对方的自愿履行行为。

行动建议：

• 鉴于诉讼时效已过且对方未起诉的情况，您公司可以继续保持正常运营，但同时应保留好相关证据和文件。
• 如果您对对方的意图或未来行动存在疑虑，或者希望进一步了解如何应对可能的法律纠纷，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供个性化的法律建议和指导。

最后，我希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。