上班迟到公司扣工资是否合法，主要取决于公司的规章制度是否合法制定、扣罚金额是否合理，以及是否存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
规章制度合法且明确：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需要向员工进行公示或告知。
- 如果公司有经过合法程序制定的规章制度，并且该规章制度中明确规定了员工迟到要扣工资，且扣罚标准合理，那么公司按照规定扣工资是有一定法律依据的。
扣罚金额合理：
- 扣罚的金额不能过高，不能使得员工的工资低于当地最低工资标准。一般来说，扣除的工资数额应该与迟到给公司造成的实际损失相匹配。例如，若单位规定迟到一次扣除的金额适中，且扣除后工资仍高于最低工资标准，则此扣罚行为合法。
- 根据相关司法实践，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
无特殊情况：
- 如果员工迟到并非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，且公司规章制度中有明确规定，那么用人单位在合理范围内扣工资是合法的。
不合法情形
规章制度违法或未公示：
- 若用人单位未按照法定程序制定规章制度，如未经职工代表大会或者全体职工讨论，未与工会或者职工代表平等协商确定，或未将规章制度公示或告知劳动者，又或者规章制度内容本身违反法律法规的强制性规定，则依据此规章制度对迟到进行扣钱是不合法的。
扣罚金额不合理：
- 如果扣除的工资数额过高，使得员工的工资低于当地最低工资标准，或扣除比例明显不合理（如超过当月工资的20%），则此扣罚行为可能违反法律规定。
存在特殊情况：
- 如果员工迟到是因不可抗力等合理原因导致的（如自然灾害、突发疾病等），用人单位仍进行扣罚则可能不合理且不合法。
维权途径
- 如果劳动者认为用人单位的扣罚行为不合法，首先可以与用人单位进行沟通协商，要求其改正。
- 协商不成时，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
举例说明：
- 假设小张所在的公司有经过合法程序制定的规章制度，且该制度中明确规定迟到一次扣除当月工资的5%，且扣除后工资仍高于当地最低工资标准。如果小张某天迟到了，公司按照制度扣除相应工资，这是合法的。
- 相反，如果小李所在的公司没有任何关于迟到扣工资的规章制度，或者虽然有制度但没有向员工公示或告知，但小李某天迟到了半小时，公司却扣了他当天的全部工资。在这种情况下，小李可以依据相关法律法规，通过合法途径要求公司退还扣除的工资。
总结与建议：
公司在处理员工迟到扣工资的问题时，必须确保有合法有效的规章制度作为依据，并且扣工资的数额需合理。同时，建议公司在制定相关规章制度时，充分征求员工的意见和建议，确保制度的公平性和合理性。对于员工而言，也应了解自己的权益和义务，在遭遇不合法或不合理的扣款时，及时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。