结论：当老板被抓，员工无法证明自己不知情时，员工需要采取一系列措施来维护自己的合法权益，具体包括收集证据、配合调查、咨询专业律师以及关注案件进展等。以下是对这些方面的详细分析：

一、收集证据以证明自身清白

1. 工作记录与沟通证据：员工应尽可能收集与工作相关的记录，如工作邮件、聊天记录、工作日志等，这些证据可以证明员工在正常履行工作职责，并未参与老板的违法行为。
2. 证人证言：如果有同事或合作伙伴能够证明员工对老板的违法行为并不知情，他们的证言将是非常有力的证据。
3. 其他相关证据：根据具体情况，员工还可以收集其他可能证明自己清白的证据，如财务记录、合同文件等。

二、配合调查，如实陈述

1. 积极响应调查：当相关部门对老板的违法行为进行调查时，员工应积极响应，配合调查工作。这有助于展示员工的合作态度，并可能减轻或免除其法律责任。
2. 如实陈述事实：在调查过程中，员工应如实陈述自己所知道的事实，不要隐瞒或歪曲真相。隐瞒或提供虚假证言可能会使员工陷入更严重的法律困境。

三、咨询专业律师，了解法律权益

1. 寻求法律帮助：由于劳动纠纷和刑事案件涉及复杂的法律问题，员工应尽快咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。
2. 制定应对策略：律师可以根据员工的具体情况，为其制定合适的应对策略，包括如何收集证据、如何配合调查、如何维护自己的合法权益等。

四、关注案件进展，及时应对

1. 了解案件动态：员工应关注老板案件的进展情况，及时了解相关法律程序和可能的结果。这有助于员工做好心理准备，并采取相应的应对措施。
2. 应对不利后果：如果员工因老板的违法行为而受到牵连或面临不利后果，如被解雇、被追究法律责任等，员工应及时与律师沟通，制定应对策略，以维护自己的合法权益。

五、特殊情况下的法律考量

1. 如果员工确实不知情：在法律上，如果员工确实对老板的违法行为不知情，且没有参与其中，那么员工通常不应承担法律责任。但员工需要提供充分的证据来证明自己的清白。
2. 如果员工有轻微参与或疏忽：如果员工在老板的违法行为中有轻微参与或因疏忽而未能及时发现，那么员工可能需要承担一定的法律责任。但具体责任的大小和性质需要根据具体情况和法律规定来判断。

建议：面对老板被抓且无法证明自己不知情的情况，员工应保持冷静，积极收集证据，配合调查，并尽快咨询专业律师。律师将能够根据员工的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助，以维护员工的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。