公司从事违法活动时，股权转让协议的效力需分情况讨论，具体如下：

1. 若股权转让时公司违法行为尚未被查处或公开
   此时协议效力可能不受直接影响，但需满足《民法典》第143条关于民事法律行为有效的条件（行为人具有相应能力、意思表示真实、不违反法律/行政法规强制性规定及公序良俗）。若转让方未如实披露公司违法事实，可能构成欺诈，受让方可依据《民法典》第148条主张撤销协议；若违法事实导致公司资产或经营资质实质性减损，受让方可能以“重大误解”或“显失公平”为由请求撤销。

2. 若股权转让时公司违法行为已被查处或公开
   此时协议可能因违反法律强制性规定而无效。例如：

   • 若公司违法行为涉及刑事犯罪（如非法集资、走私），股权转让可能被认定为犯罪行为的组成部分，协议因“以合法形式掩盖非法目的”而无效（《民法典》第154条）；
     
   • 若公司违法行为违反行政法规的效力性强制性规定（如未取得经营许可从事禁止业务），协议可能因违反《民法典》第153条而无效。

3. 若股权转让后公司违法行为被查处
   协议效力原则上不受影响（因签订时违法行为未被认定），但受让方可能面临行政处罚或刑事责任风险。例如：

   • 若受让方明知或应知公司违法行为仍受让股权，可能被认定为共同违法主体；
     
   • 若受让方已支付合理对价且无过错，可主张善意取得股权，但需承担举证责任（《公司法司法解释三》第25条）。

实务建议：

• 转让方应全面披露公司经营状况及潜在风险，避免因隐瞒导致协议被撤销；
  
• 受让方需在签约前尽职调查公司合法性，包括核查经营资质、行政处罚记录、刑事立案情况等；
  
• 若公司违法行为已涉及刑事犯罪，建议暂停股权转让并咨询律师评估风险。
  

如有具体案件细节（如公司违法类型、转让时间节点等），可进一步向我说明，我会结合案例为您分析协议效力及风险应对方案。