结论：在您已经和银行协商还款一次性结清，但流程还在进行中、减免部分尚未清零的情况下，银行通常不会继续扣款，但具体还需看协商的细节和银行的操作流程。以下从几个角度为您详细分析：

1. 协商还款的效力：

   • 当您与银行就一次性结清还款达成协商时，这实际上构成了一个新的还款协议。在这个协议下，您同意按照约定的方式和时间支付剩余款项，而银行则同意在收到款项后给予相应的减免或处理。
   • 既然已经达成了协商，且您正在按照协商的内容履行（即准备一次性结清），那么在没有其他特殊约定的情况下，银行通常不会继续按照原有的还款计划进行扣款。

2. 银行操作流程：

   • 银行在处理这类协商还款时，通常会有一个内部流程来确认您的还款意愿、还款能力以及协商的具体内容。
   • 在这个流程中，银行可能会暂停或调整原有的扣款计划，以等待您按照协商内容完成还款。
   • 如果减免部分还未清零，这可能意味着银行的内部流程还在进行中，比如需要审核您的还款记录、确认减免金额等。但在这个阶段，银行通常不会继续扣款，除非协商中有特别约定。

3. 特殊情况考虑：

   • 尽管大多数情况下银行不会继续扣款，但也不能完全排除特殊情况的存在。比如，如果协商过程中存在误解或沟通不畅，导致银行误以为您还未完成还款义务，那么银行可能会继续尝试扣款。
   • 另外，如果您的银行账户中还有其他自动扣款协议（如水电费、房贷等），且这些协议与银行的还款协议产生了冲突或混淆，也可能导致银行误扣款项。

4. 建议措施：

   • 为了确保您的权益不受损害，建议您在协商还款后，及时与银行确认还款计划的具体执行情况，包括是否暂停了原有的扣款计划、减免部分何时能够清零等。
   • 如果您担心银行可能会继续扣款，可以考虑在协商还款期间，暂时调整或暂停银行账户中的其他自动扣款协议，以避免不必要的麻烦。
   • 如果银行确实在协商还款后继续扣款，且您认为这违反了协商的内容或银行的承诺，那么您可以及时与银行沟通解决，必要时可以寻求法律援助或向相关监管部门投诉。

总结：在您已经和银行协商还款一次性结清的情况下，银行通常不会继续扣款。但为了确保您的权益和避免不必要的麻烦，建议您及时与银行确认还款计划的具体执行情况，并采取相应的预防措施。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。