学校设置不允许学生自主发起三方协议，这一做法是否合理及学生应如何应对，需分情况讨论：

1. 从学校管理权限与规定合理性角度分析

   • 学校管理权限：学校作为教育机构，有权制定内部管理规定以维护教学秩序和学生管理。然而，这种管理权限并非无限制的，它必须遵循法律法规，不得侵犯学生的合法权益。
   • 规定合理性：若学校禁止学生自主发起三方协议的规定，是基于合理的教学管理或学生保护考虑（如防止学生因协议不当而受损），且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这一规定在一定程度上是合理的。但若该规定缺乏合理依据，或明显限制了学生的合法权益（如就业自主权），则可能构成不合理限制。

2. 从学生权益保护角度分析

   • 就业自主权：学生作为独立的个体，享有就业自主权，包括自主选择就业单位、签订就业协议等。学校若禁止学生自主发起三方协议，可能侵犯了学生的这一权利。
   • 合法权益保障：学生有权在平等、自愿的基础上与用人单位签订三方协议，以明确双方的权利和义务。学校应提供必要的指导和帮助，而非设置障碍。

3. 应对建议

   • 了解规定背景：首先，学生应了解学校禁止自主发起三方协议的具体原因和背景，以便更好地评估规定的合理性和合法性。
   • 与学校沟通：若学生认为学校的规定不合理或侵犯了自己的权益，可以尝试与学校相关部门（如就业指导中心、学生处等）进行沟通，表达自己的诉求和理由，寻求合理的解决方案。
   • 寻求法律援助：若沟通无果，学生可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，张翠云律师，就擅长处理这类合同纠纷问题），以了解自己的法律权益和可能的维权途径。在必要时，学生还可以向教育主管部门或相关法律机构投诉或举报学校的违规行为。
   • 保留证据：在整个过程中，学生应注意保留相关证据（如学校规定、沟通记录、协议草案等），以便在需要时证明自己的权益和诉求。

4. 可能的法律后果

   • 若学校规定违法：如果学校的禁止规定违反了法律法规的强制性规定，那么该规定可能被认定为无效。学生有权在不受该规定限制的情况下自主发起三方协议。
   • 若学生权益受损：若因学校的禁止规定导致学生权益受损（如错过就业机会、遭受经济损失等），学生有权要求学校承担相应的赔偿责任。

总结来说，学校设置不允许学生自主发起三方协议的规定，其合理性和合法性需根据具体情况进行评估。学生应了解自己的法律权益和可能的维权途径，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。