结论：招商信用卡逾期12天但已经还款，是否会上征信，主要取决于招商银行是否已经将逾期记录上报至央行征信系统。不过，通常情况下，由于逾期时间较短且已还款，上报征信的可能性相对较小，但并非绝对没有可能。

详细分析：

1. 还款宽限期的考量：

   • 招商银行为信用卡持卡人提供了3天的还款宽限期。这意味着，在到期还款日后的3个自然日内（含）足额还清当期账单应还款或最低还款额，银行将视为按时还款，不会上报至央行征信系统。
   • 在您的情况下，逾期12天已经超出了这个宽限期，但关键在于银行是否已经在此期间或之后将逾期记录上报。

2. 银行上报征信的时机：

   • 银行通常会在逾期一段时间后（这个时间因银行政策而异，可能几天到几个月不等）将逾期记录上报至央行征信系统。
   • 如果您的逾期行为在银行上报之前已经得到纠正（即已经还款），且银行尚未上报，那么您的征信记录可能不会受到影响。
   • 然而，如果银行已经上报了逾期记录，即使您后续还款，该记录也可能已经存在于征信系统中，对您的信用产生一定影响。

3. 后续行动建议：

   • 联系银行客服：建议您立即联系招商银行客服，了解您的逾期记录是否已经被上报至央行征信系统。如果尚未上报，您可以请求银行不要上报，并说明您已经还款的情况。
   • 关注征信报告：无论银行是否上报，您都可以定期查询自己的征信报告，了解自己的信用状况。如果发现有不准确的记录，您可以及时向银行或征信机构提出异议，并要求更正。
   • 保持良好的还款习惯：为了避免未来再次出现类似情况，建议您始终保持良好的还款习惯，确保按时足额还款。

4. 法律后果与风险提示：

   • 如果逾期记录被上报至央行征信系统，可能会对您的信用产生负面影响，影响您未来申请贷款、信用卡等金融产品的审批结果。
   • 在极端情况下，如果逾期行为被认定为恶意透支或信用卡诈骗等违法行为，您还可能面临法律责任和刑事处罚。不过，这种情况通常发生在逾期时间较长、金额较大且拒不还款的情况下。

总结与建议：

• 招商信用卡逾期12天但已经还款，是否会上征信取决于银行是否已经上报逾期记录。
• 建议您立即联系银行客服了解情况，并关注自己的征信报告。
• 为了避免未来再次出现类似情况，请保持良好的还款习惯。

如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。