挂名股东，即名义股东，想要从公司工商登记中取消其身份，确实需要遵循一系列法定程序，并与实际出资人、公司及其他股东进行充分协商。以下是一个详细且清晰的解答流程：
一、明确退出意愿与初步准备
明确退出意愿：
- 挂名股东应首先明确自己的退出意愿，并梳理退出原因，如个人职业规划调整、对公司未来发展不看好等。
收集相关证据：
- 收集与实际出资人之间的代持股协议、出资转账记录、聊天记录或邮件等书面材料，以证明自己仅为挂名股东，并未实际出资或行使股东权利。
二、与公司及实际出资人协商
内部沟通：
- 与实际出资人或实际控制公司运营的股东进行沟通，明确双方的权利义务及后续安排，避免纠纷。协商过程最好形成书面记录，以便后续参考。
探讨退出方式：
- 根据公司实际情况和双方意愿，探讨合适的退出方式，如股权转让、公司回购、减资退出等。
三、履行内部决策程序
召开股东会议：
- 根据公司章程规定召集股东会，就挂名股东退出、股权变更等事项进行表决。决议需经代表一定比例（通常三分之二以上）表决权的股东通过，并形成书面决议文件，所有参会股东签字确认。
修改公司章程：
- 因股东变更涉及公司章程修改，需对章程进行相应修订，并经股东会再次审议通过，由法定代表人签字、公司盖章。
四、准备并提交变更登记材料
材料清单：
- 准备《公司登记（备案）申请书》（加盖公司公章，法定代表人签字）、股东会决议关于变更股东的决议、新的公司章程或修正案、股权转让协议（如适用）、新股东的主体资格证明或身份证件复印件、公司营业执照正、副本原件以及委托代理人证明（如委托他人办理）等材料。
提交申请：
- 将上述材料提交给当地工商行政管理部门，可通过线上平台或线下窗口提交。
审核与核准：
- 工商部门对材料进行审核，无误后予以核准，并换发新的营业执照，正式取消挂名股东信息。
五、处理后续事宜
公告及税务处理：
- 根据规定，可能需要进行公告等程序，并处理好税务等相关事宜，以确保注销手续的顺利完成。
清理债权债务：
- 在退出前，挂名股东应与公司清算组一起对公司的债权债务进行全面清理，确保自己不会因公司债务问题而承担责任。
六、注意事项与法律途径
保留证据：
- 在整个退出过程中，挂名股东应妥善保留所有相关文件和记录，以备不时之需。
法律咨询：
- 由于股东退出涉及复杂的法律问题，建议挂名股东在退出前咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
遵守法律法规：
- 在退出过程中，挂名股东应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，避免因违法违规行为而引发不必要的法律风险。
法律途径解决争议：
- 如遇实际出资人不配合、公司内部争议等复杂情况，可考虑通过法律途径解决，如向人民法院提起诉讼，请求确认挂名股东身份并判令协助办理工商变更登记。
综上所述，挂名股东取消其在工商登记中的身份是一个涉及多个环节和法律知识点的复杂过程。通过遵循上述步骤和注意事项，可以确保整个过程的顺利进行，并有效维护挂名股东的合法权益。