针对您提出的“开两轮电动车有合格证没有上牌闯红灯被小车撞了怎么处罚”的问题，我将从责任认定、处罚措施以及事故处理建议三个方面进行详细解答。
一、责任认定
电动车闯红灯的责任：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，闯红灯是明确的违法行为。因此，在这起事故中，由于您驾驶的两轮电动车闯红灯，您通常会被认定为事故的主要或全部责任方。
- 除非有确凿证据表明小车存在违法行为（如超速、酒驾、未按规定让行等），否则您需要承担较重的责任。
小车的责任：
- 如果小车在事故发生时是正常行驶且遵守了所有交通规则，那么小车车主可能只需承担较轻责任或无责任。
- 但如果小车存在违法行为，交警会根据其过错程度来划分责任比例。
二、处罚措施
针对电动车的处罚：
- 由于您驾驶的电动车未上牌且闯红灯，根据相关法律法规，您可能会面临罚款、扣车等处罚。具体罚款金额和扣车时间会根据当地交通管理部门的规定执行。
- 此外，由于您承担事故的主要或全部责任，您还需要向小车车主赔偿因事故导致的损失，包括但不限于车辆维修费用、施救费等。
针对小车的处罚（如果小车有责任）：
- 如果小车在事故中存在违法行为，交警会根据其过错程度对小车车主进行相应的处罚，如罚款、扣分等。
- 同时，小车车主也需要根据其责任比例承担相应的赔偿责任。
三、事故处理建议
及时报警：
- 发生交通事故后，您应立即报警并等待交警到场处理。报警时，请提供准确的事故地点、时间以及双方车辆和人员的基本情况。
配合交警调查：
- 交警到场后，您应积极配合交警的调查工作，如实陈述事故经过，提供相关证据（如行车记录仪视频、目击证人证言等）。
等待责任认定：
- 交警会根据现场勘查、监控录像、目击证人证言等综合判断事故责任，并出具事故责任认定书。您应认真阅读并理解责任认定书的内容，如有异议，可以在规定时间内提出复核申请。
协商赔偿或诉讼解决：
- 根据事故责任认定书，您应与小车车主协商赔偿事宜。如果无法达成一致，您可以向人民法院提起诉讼解决争议。在诉讼过程中，请提供充分的证据来支持您的主张。
综上所述，开两轮电动车有合格证没有上牌闯红灯被小车撞了，您作为电动车车主通常需要承担较重的责任，并可能面临罚款、扣车等处罚。同时，您还需要向小车车主赔偿因事故导致的损失。因此，我建议您在驾驶电动车时务必遵守交通规则，确保行车安全。